ملاکا خاندان کے آخری سلطان، سلطان محمود شاہ دوم، اپنے غلط رویے کے لیے جانا جاتا تھا، جو بیندہارا حبیب کی موت اور اس کے بعد بیندہارا عبدالجلیل کی تقرری کے بعد بڑی حد تک بے لگام ہو گیا۔اس رویے کا خاتمہ اس وقت ہوا جب سلطان نے ایک امیر کی حاملہ بیوی کو معمولی خلاف ورزی پر پھانسی کا حکم دیا۔جوابی کارروائی میں، سلطان کو مشتعل رئیس کے ہاتھوں قتل کر دیا گیا، جس سے 1699 میں تخت خالی ہو گیا۔ اورنگ کیاس، سلطان کے مشیر، سا اکر دی راجہ، موار کے راجہ ٹیمنگونگ کی طرف متوجہ ہوئے، جنہوں نے تجویز پیش کی کہ بیندہارا عبدالجلیل تخت کا وارث ہو۔تاہم، جانشینی کچھ عدم اطمینان کے ساتھ ملی، خاص طور پر اورنگ لاؤٹ کی طرف سے۔عدم استحکام کے اس دور کے دوران، جوہر میں دو غالب گروہوں—بگیس اور منانگکاباؤ— کو اقتدار سنبھالنے کا موقع ملا۔منانگکاباؤ نے راجہ کیسل کو متعارف کرایا، جو ایک شہزادہ ہے جس کا دعویٰ ہے کہ وہ سلطان محمود دوم کا بعد از مرگ بیٹا ہے۔دولت اور طاقت کے وعدے کے ساتھ، بگیوں نے شروع میں راجہ کیسل کا ساتھ دیا۔تاہم، راجہ کیسل نے ان کے ساتھ دھوکہ کیا اور ان کی رضامندی کے بغیر خود کو جوہر کا سلطان بنا دیا، جس کی وجہ سے سابقہ ​​سلطان عبدالجلیل چہارم فرار ہو گئے اور بالآخر انہیں قتل کر دیا گیا۔جوابی کارروائی میں، بگیوں نے سلطان عبدالجلیل چہارم کے بیٹے راجہ سلیمان کے ساتھ فوجوں میں شمولیت اختیار کی، جس کے نتیجے میں 1722 میں راجہ کیسل کا تختہ الٹ گیا۔ جب راجہ سلیمان سلطان کے طور پر تخت نشین ہوئے، وہ بگیوں سے بہت زیادہ متاثر ہوئے، جنہوں نے درحقیقت جوہر پر حکومت کی۔18ویں صدی کے وسط میں سلطان سلیمان بدر عالم شاہ کے دور حکومت میں، بگیوں نے جوہر کی انتظامیہ پر نمایاں کنٹرول حاصل کیا۔ان کا اثر و رسوخ اتنا بڑھ گیا کہ 1760 تک، مختلف بگیوں کے خاندانوں نے جوہر کے شاہی سلسلے میں شادیاں کر لیں، اور ان کے تسلط کو مزید مستحکم کیا۔ان کی قیادت میں، جوہر نے اقتصادی ترقی کا تجربہ کیا، جسے چینی تاجروں کے انضمام سے تقویت ملی۔تاہم، 18ویں صدی کے آخر تک، ٹیمنگونگ دھڑے کے اینگکاؤ مودا نے طاقت کا دوبارہ دعویٰ کرنا شروع کر دیا، جس نے ٹیمنگونگ عبدالرحمٰن اور اس کی اولاد کی رہنمائی میں سلطنت کی مستقبل کی خوشحالی کی بنیاد رکھی۔