سامری بغاوتیں (c. 484-573 CE) فلسطین پرائما صوبے میں بغاوتوں کا ایک سلسلہ تھا، جہاں سامریوں نے مشرقی رومی سلطنت کے خلاف بغاوت کی۔ان بغاوتوں کے نتیجے میں نمایاں تشدد ہوا اور سامری آبادی میں زبردست کمی واقع ہوئی، جس سے خطے کی آبادیاتی تبدیلیاں ہوئیں۔یہودی-رومن جنگوں کے بعد، یہودی بڑی حد تک یہودیہ میں غائب تھے، سامری اور بازنطینی عیسائیوں نے اس خلا کو پر کیا۔سامری برادری نے سنہری دور کا تجربہ کیا، خاص طور پر بابا ربا (سی اے۔ 288-362 عیسوی) کے دور میں، جس نے سامری معاشرے کی اصلاح اور مضبوطی کی۔تاہم یہ دور اس وقت ختم ہوا جب بازنطینی افواج نے بابا ربا پر قبضہ کر لیا۔^[131]جسٹا بغاوت (484)نیپولس میں سامریوں پر شہنشاہ زینو کے ظلم و ستم نے پہلی بڑی بغاوت کو جنم دیا۔سامریوں نے، جسٹا کی قیادت میں، عیسائیوں کو قتل کرکے اور نیپولس میں ایک چرچ کو تباہ کرکے بدلہ لیا۔اس بغاوت کو بازنطینی افواج نے کچل دیا، اور زینو نے کوہ گریزیم پر ایک گرجا گھر تعمیر کیا، جس سے سامری جذبات میں مزید اضافہ ہوا۔^[132]سامری بے چینی (495)ایک اور بغاوت 495 میں شہنشاہ اناستاسیئس اول کے دور میں ہوئی، جہاں سامریوں نے مختصر طور پر کوہ گیریزم پر دوبارہ قبضہ کر لیا لیکن بازنطینی حکام نے انہیں دوبارہ دبا دیا۔^[132]بین صابر بغاوت (529-531)بازنطینی قوانین کی طرف سے عائد پابندیوں کے جواب میں سب سے زیادہ پرتشدد بغاوت جولینس بن صابر نے کی تھی۔بن صابر کی عیسائی مخالف مہم کو بازنطینی اور غسانی عربوں کی مضبوط مزاحمت کا سامنا کرنا پڑا، جس کے نتیجے میں اس کی شکست اور پھانسی ہوئی۔اس بغاوت نے سامری آبادی اور خطے میں موجودگی کو نمایاں طور پر کم کر دیا۔^[132]سامری بغاوت (556)556 میں ایک مشترکہ سامری-یہودی بغاوت کو دبا دیا گیا، جس کے باغیوں کے لیے شدید اثرات تھے۔^[132]بغاوت (572)بازنطینی شہنشاہ جسٹن II کے دور حکومت میں 572/573 (یا 578) میں ایک اور بغاوت ہوئی جس کے نتیجے میں سامریوں پر مزید پابندیاں لگ گئیں۔^[132]مابعدبغاوتوں نے سامری آبادی کو کافی حد تک کم کر دیا، جو اسلامی دور میں مزید کم ہو گئی۔سامریوں کو امتیازی سلوک اور ظلم و ستم کا سامنا کرنا پڑا، تبدیلیوں اور معاشی دباؤ کی وجہ سے ان کی تعداد مسلسل کم ہوتی جا رہی تھی۔^[133] ان بغاوتوں نے خطے کے مذہبی اور آبادیاتی منظر نامے میں ایک اہم تبدیلی کی نشاندہی کی، سامری برادری کے اثر و رسوخ اور تعداد میں بڑی حد تک کمی واقع ہوئی، جس سے دوسرے مذہبی گروہوں کے غلبہ کی راہ ہموار ہوئی۔