11ویں صدی کے آخر میں خوارزمیان خاندان نے عراق پر کنٹرول سنبھال لیا۔ترک سیکولر حکمرانی اور عباسی خلافت کا یہ دور 13ویں صدی میں منگول حملوں کے ساتھ اختتام پذیر ہوا۔^[51] چنگیز خان کی قیادت میں منگولوں نے 1221 تک خوارزمیہ کو فتح کر لیا تھا۔ تاہم، 1227 میں چنگیز خان کی موت اور اس کے بعد منگول سلطنت کے اندر اقتدار کی کشمکش کی وجہ سے عراق کو عارضی سکون کا سامنا کرنا پڑا۔منگکے خان نے، 1251 سے، منگول کی توسیع کو دوبارہ شروع کیا، اور جب خلیفہ المستسم نے منگول کے مطالبات سے انکار کر دیا، تو بغداد کو 1258 میں ہلاگو خان ​​کی قیادت میں ایک محاصرے کا سامنا کرنا پڑا۔بغداد کا محاصرہ، منگول فتوحات کا ایک اہم واقعہ، 29 جنوری سے 10 فروری 1258 تک 13 دنوں پر محیط تھا۔ الخاناتی منگول افواج نے اپنے اتحادیوں کے ساتھ مل کر بغداد کا محاصرہ کیا، قبضہ کر لیا اور بالآخر اس وقت عباسی خلافت کا دارالحکومت بغداد کو برخاست کر دیا۔ .اس محاصرے کے نتیجے میں شہر کے زیادہ تر باشندوں کا قتل عام ہوا، جن کی تعداد ممکنہ طور پر لاکھوں میں تھی۔شہر کے کتب خانوں کی تباہی اور ان میں موجود قیمتی مواد مورخین کے درمیان بحث کا موضوع بنی ہوئی ہے۔منگول افواج نے المستسم کو موت کے گھاٹ اتار دیا اور بغداد میں شدید آبادی اور تباہی مچا دی۔اس محاصرے نے علامتی طور پر اسلامی سنہری دور کے خاتمے کو نشان زد کیا، ایک ایسا دور جس کے دوران خلفاء نے جزیرہ نما آئبیرین سے سندھ تک اپنا تسلط بڑھایا تھا۔