فارسالس کی لڑائی قیصر کی خانہ جنگی کی فیصلہ کن جنگ تھی جو 9 اگست 48 قبل مسیح کو وسطی یونان میں فارسالس کے قریب لڑی گئی۔جولیس سیزر اور اس کے اتحادیوں نے پومپیو کی کمان میں رومن ریپبلک کی فوج کے مقابل تشکیل دیا۔پومپیو کو رومن سینیٹرز کی اکثریت کی حمایت حاصل تھی اور اس کی فوج تجربہ کار سیزرین لشکروں سے نمایاں طور پر پیچھے تھی۔اپنے افسروں کے دباؤ میں پومپیو نے ہچکچاتے ہوئے جنگ میں حصہ لیا اور اسے زبردست شکست کا سامنا کرنا پڑا۔پومپیو، شکست سے مایوس ہو کر اپنے مشیروں کے ساتھ بیرون ملک مائیٹیلین اور وہاں سے سلیشیا چلا گیا جہاں اس نے جنگی کونسل کا انعقاد کیا۔اسی وقت، ڈیراچیم میں کیٹو اور حامیوں نے سب سے پہلے مارکس ٹولیئس سیسیرو کو کمان سونپنے کی کوشش کی، جس نے انکار کر دیا، بجائے اس کے کہ اٹلی واپس جانے کا فیصلہ کیا۔اس کے بعد وہ کورسیرا میں دوبارہ منظم ہوئے اور وہاں سے لیبیا چلے گئے۔مارکس جونیئس بروٹس سمیت دیگر لوگوں نے سیزر سے معافی مانگی، دلدل کے علاقوں سے لاریسا کا سفر کیا جہاں اس کے بعد سیزر نے اپنے کیمپ میں ان کا شاندار استقبال کیا۔پومپیو کی جنگی کونسل نےمصر فرار ہونے کا فیصلہ کیا، جس نے پچھلے سال اسے فوجی امداد فراہم کی تھی۔جنگ کے نتیجے میں، سیزر نے پومپیو کے کیمپ پر قبضہ کر لیا اور پومپیو کے خط و کتابت کو جلا دیا۔اس کے بعد اس نے اعلان کیا کہ وہ ان سب کو معاف کر دے گا جنہوں نے رحم کی درخواست کی۔ایڈریاٹک اور اٹلی میں پومپیئن بحری افواج نے زیادہ تر پیچھے ہٹ گئے یا ہتھیار ڈال دیے۔