Перша фітна, велика рання ісламська громадянська війна, призвела до значних змін в управлінні Єгиптом.У цей період халіф Алі призначив Мухаммада ібн Абі Бакра губернатором Єгипту.Однак Амр ібн аль-Ас, підтримуючи Омейядів , переміг Ібн Абі Бакра в 658 році і правив Єгиптом до його смерті в 664 році. Під Омейядами проомейядські партизани, такі як Маслама ібн Мухаллад аль-Ансарі, продовжували правити Єгиптом до Другої фітни. .Під час цього конфлікту був встановлений підтримуваний хариджитами режим Зубайридів, непопулярний серед місцевих арабів.Халіф Омейядів Марван I вторгся в Єгипет у 684 році, відновивши контроль над Омейядами та призначивши свого сина, Абд аль-Азіза, губернатором, який фактично правив як віце-король протягом 20 років.^[82]За часів Омейядів такі губернатори, як Абд аль-Малік ібн Ріфаа аль-Фахмі та Айюб ібн Шархабіль, обрані з місцевої військової еліти (джунд), впроваджували політику, яка посилювала тиск на коптів і ініціювала ісламізацію.^[83] Це призвело до кількох коптських повстань через підвищене оподаткування, найпомітнішим у 725 році. Арабська мова стала офіційною державною мовою в 706 році, сприяючи формуванню єгипетської арабської мови.Період Омейядів завершився подальшими повстаннями в 739 і 750 роках.Під час періоду Аббасидів Єгипет пережив нові податки та нові коптські повстання.Рішення халіфа аль-Мутасіма у 834 році централізувати владу та фінансовий контроль призвело до значних змін, зокрема до заміни місцевих арабських військ турецькими солдатами.У 9 столітті мусульманське населення перевершило християн-коптів , а процеси арабізації та ісламізації посилилися.«Анархія в Самаррі» в центрі Аббасидів сприяла підйому алідських революційних рухів у Єгипті.^[84]Період Тулунідів почався в 868 році, коли Ахмад ібн Тулун був призначений губернатором, що ознаменувало зсув до політичної незалежності Єгипту.Незважаючи на внутрішню боротьбу за владу, Ібн Тулун встановив де-факто незалежне правління, накопичивши значні багатства та поширивши вплив на Левант.Однак його наступники зіткнулися з внутрішніми чварами та зовнішніми загрозами, що призвело до відвоювання Єгипту Аббасидами в 905 році ^{[85 .]}У Єгипті після Тулунідів тривали конфлікти та з’являлися такі впливові особи, як турецький полководець Мухаммед ібн Тугдж аль-Іхшид.Його смерть у 946 році призвела до мирного успадкування його сина Унуджура та подальшого правління Кафуром.Однак завоювання Фатімідів у 969 році завершило цей період, започаткувавши нову еру історії Єгипту.^[86]