1988'de Başkan Ziya-ül-Hak'ın ölümünün ardından Pakistan'da genel seçimlerle demokrasi yeniden kuruldu.Bu seçimler, Pakistan Halk Partisi'nin (PPP) yeniden iktidara gelmesine yol açtı; Benazir Butto, Pakistan'ın ilk kadın Başbakanı ve Müslüman çoğunluğun olduğu bir ülkede hükümetin ilk kadın başkanı oldu.1999'a kadar süren bu dönem, merkez sağ muhafazakarların Navaz Şerif liderliğinde ve merkez sol sosyalistlerin Benazir Butto liderliğinde olduğu, rekabetçi iki partili bir sistemle karakterize edildi.Görev süresi boyunca Butto, komünizme olan ortak güvensizlik nedeniyle Batı yanlısı politikaları sürdürerek Pakistan'ı Soğuk Savaş'ın son aşamalarına yönlendirdi.Hükümeti, Sovyet birliklerinin Afganistan'dan çekilmesine tanık oldu.Ancak Pakistan'ın atom bombası projesinin ortaya çıkması, ABD ile ilişkilerin gerginleşmesine ve ekonomik yaptırımların uygulanmasına yol açtı.Butto'nun hükümeti Afganistan'da da zorluklarla karşı karşıya kaldı; başarısız bir askeri müdahale, istihbarat servisi yöneticilerinin görevden alınmasına yol açtı.Yedinci Beş Yıllık Plan da dahil olmak üzere ekonomiyi canlandırma çabalarına rağmen Pakistan stagflasyon yaşadı ve Butto'nun hükümeti sonunda muhafazakar Başkan Ghulam İshak Han tarafından görevden alındı.