Asya genetiği üzerine yapılan bir araştırma, Doğu Asya'daki orijinal insanların Güneydoğu Asya'dan geldiğini öne sürüyor.^[14] Yarımadadaki yerli gruplar üç etnik kökene ayrılabilir: Negritolar, Senoiler ve proto-Malaylar.^[15] Malay Yarımadası'nın ilk sakinleri büyük olasılıkla Negritolardı.^[16] Bu Mezolitik avcılar muhtemelen etnik bir Negrito grubu olan Semang'ın atalarıydı.^[17] Senoiler, anneye ait mitokondriyal DNA soylarının yaklaşık yarısının Semang'ın atalarına kadar uzandığı ve yaklaşık yarısının da daha sonraki atalarının Çinhindi'nden göç ettiği karma bir grup gibi görünmektedir.Bilim adamları, onların, yaklaşık 4000 yıl önce yarımadanın güney kısmına hem dillerini hem de teknolojilerini getiren, Avusturya-Asya dili konuşan ilk tarımcıların torunları olduklarını öne sürüyorlar.Yerli halkla birleşip kaynaştılar.^[18] Proto Malaylar daha çeşitli bir kökene sahiptirler ^[19] ve Avustronezya genişlemesinin bir sonucu olarak M.Ö. 1000 yılında Malezya'ya yerleşmişlerdir.^[20] Güneydoğu Asya'nın Denizcilikle İlgili diğer sakinleriyle bazı bağlantılar gösterseler de, bazılarının yaklaşık 20.000 yıl önce Son Buzul Maksimum döneminde Çinhindi'nde de ataları vardır.Şu anda Malezya olan bölgeyi kapsayan alanlar Deniz Yeşim Yolu'na katıldı.Ticaret ağı, MÖ 2000'den MS 1000'e kadar 3.000 yıl boyunca varlığını sürdürdü.^[21]Antropologlar, Proto-Malayların bugünkü Yunnan,Çin'den kaynaklandığı fikrini destekliyorlar.^[Bunu,] erken Holosen'de Malay Yarımadası üzerinden Malay Takımadaları'na doğru yayılma izledi.^[23] MÖ 300 civarında, kısmen Kamboçya ve Vietnam Çamları'ndan gelen bir Demir Çağı veya Bronz Çağı halkı olan Deutero-Malaylar tarafından iç bölgelere itildiler.Yarımadada metal aletler kullanan ilk grup olan Deutero-Malaylar, günümüz Malezya Malaylarının doğrudan atalarıydı ve yanlarında ileri tarım teknikleri getirmişlerdi.^[17] Malaylar, ortak bir kültür ve sosyal yapı paylaşılmasına rağmen, Malay takımadaları boyunca siyasi olarak parçalanmış durumda kaldılar.^[24]