Hollanda Malacca (1641–1825), Malakka'nın yabancı kontrolü altında olduğu en uzun dönemdi.Hollandalılar , Napolyon Savaşları (1795-1815) sırasında aralıklı İngiliz işgaliyle neredeyse 183 yıl hüküm sürdü.Bu dönem, Hollanda ile Johor Sultanlığı arasında 1606'da oluşturulan anlaşma nedeniyle Malay saltanatlarının çok az ciddi kesintiye uğramasıyla göreceli bir barışa sahne oldu. Bu sefer aynı zamanda Malakka'nın öneminin de azaldığına işaret ediyordu.Hollandalılar bölgedeki ekonomik ve idari merkez olarak Batavia'yı (bugünkü Cakarta) tercih ettiler ve Malacca'daki hakimiyetleri şehrin diğer Avrupalı ​​güçlere kapılmasını ve bunun sonucunda ortaya çıkacak rekabeti önlemekti.Böylece 17. yüzyılda Malakka'nın önemli bir liman olmaktan çıkmasıyla Johor Sultanlığı, limanlarının açılması ve Hollandalılarla yapılan ittifak sayesinde bölgenin hakim yerel gücü haline geldi.