Kennedy yönetimi, Domuzlar Körfezi İstilası'nın ardından Küba hükümetinin devrilmesini gizlice kolaylaştırmanın çeşitli yollarını deneyerek Castro'yu devirmenin yollarını aramaya devam etti.1961'de Kennedy yönetimi altında tasarlanan, Mongoose Operasyonu olarak bilinen terör saldırıları ve diğer istikrarsızlaştırma operasyonları programına önemli umutlar bağlandı. Kruşçev projeyi Şubat 1962'de öğrendi ve buna yanıt olarak Küba'ya Sovyet nükleer füzeleri yerleştirme hazırlıkları yapıldı.Endişelenen Kennedy, çeşitli tepkileri değerlendirdi.Nihayetinde Küba'ya nükleer füze yerleştirilmesine bir deniz ablukası ile karşılık verdi ve Sovyetler Birliği'ne bir ültimatom sundu.Kruşçev bir çatışmadan geri adım attı ve Sovyetler Birliği, Amerika'nın Küba'yı bir daha işgal etmeyeceğine dair açık bir taahhüdünün yanı sıra ABD füzelerinin Türkiye'den kaldırılmasına yönelik gizli bir anlaşma karşılığında füzeleri kaldırdı.Castro daha sonra, "Nükleer silahların kullanılmasını kabul ederdim ... zaten bunun bir nükleer savaşa dönüşeceğini ve ortadan kaybolacağımızı kesin olarak kabul ettik" dedi.Küba Füze Krizi (Ekim-Kasım 1962) dünyayı nükleer savaşa her zamankinden daha fazla yaklaştırdı.Soğuk Savaş'ın ilk silah kontrol anlaşması olan Antarktika Antlaşması 1961'de yürürlüğe girmiş olmasına rağmen, krizin ardından nükleer silahlanma yarışında nükleer silahsızlanma ve ilişkilerin iyileştirilmesi yönündeki ilk çabalara yol açtı.1964'te Kruşçev'in Kremlin'deki meslektaşları onu devirmeyi başardılar, ancak barışçıl bir emekliliğine izin verdiler.Kabalık ve beceriksizlikle suçlanan John Lewis Gaddis, Kruşçev'in Sovyet tarımını mahvetmekle, dünyayı nükleer savaşın eşiğine getirmekle de anıldığını ve Kruşçev'in Berlin Duvarı'nın inşasına izin verdiğinde "uluslararası bir utanç" haline geldiğini savunuyor.