Ang isang panahon ng pamamahala sa ilalim ng Swedish House of Vasa ay nagsimula sa Commonwealth noong taong 1587. Ang unang dalawang hari mula sa dinastiyang ito, sina Sigismund III (r. 1587–1632) at Władysław IV (r. 1632–1648), ay paulit-ulit na sinubukang intriga para sa pag-akyat sa trono ng Sweden, na palaging pinagmumulan ng pagkagambala para sa mga gawain ng Commonwealth.Noong panahong iyon, nagsimula ang Simbahang Katoliko sa isang ideolohikal na kontra-opensiba at ang Kontra-Repormasyon ay nag-claim ng maraming mga convert mula sa Polish at Lithuanian Protestant circles.Noong 1596, hinati ng Union of Brest ang Eastern Christians ng Commonwealth upang likhain ang Uniate Church of the Eastern Rite, ngunit napapailalim sa awtoridad ng papa.Ang paghihimagsik ni Zebrzydowski laban kay Sigismund III ay naganap noong 1606–1608.Sa paghahanap ng supremacy sa Silangang Europa, nakipaglaban ang Commonwealth sa Russia sa pagitan ng 1605 at 1618 sa pagtatapos ng Time of Troubles ng Russia;ang serye ng mga salungatan ay tinutukoy bilang ang Polish–Muscovite War o ang Dymitriads.Ang mga pagsisikap ay nagresulta sa pagpapalawak ng silangang mga teritoryo ng Polish–Lithuanian Commonwealth, ngunit ang layunin ng pagkuha sa trono ng Russia para sa Polish na naghaharing dinastiya ay hindi nakamit.Hinahangad ng Sweden ang supremacy sa Baltic sa panahon ng mga digmaang Polish–Swedish noong 1617–1629, at ang Ottoman Empire ay pumindot mula sa timog sa mga Labanan sa Cecora noong 1620 at Khotyn noong 1621. Ang pagpapalawak ng agrikultura at mga patakaran ng serfdom sa Polish Ukraine ay nagresulta sa isang serye ng mga pag-aalsa ng Cossack .Nakipag-alyansa sa monarkiya ng Habsburg, ang Commonwealth ay hindi direktang lumahok saTatlumpung Taong Digmaan . Ang paghahari ni Władysław IV ay halos mapayapa, na may isang pagsalakay ng Russia sa anyo ng Digmaang Smolensk noong 1632–1634 na matagumpay na naitaboy.Ang hierarchy ng Orthodox Church, na ipinagbawal sa Poland pagkatapos ng Union of Brest, ay muling itinatag noong 1635.