หลังจากคัลโลเดน กองกำลังของรัฐบาลใช้เวลาหลายสัปดาห์ในการค้นหากลุ่มกบฏ ยึดปศุสัตว์ และเผาห้องประชุมของบาทหลวงและคาทอลิกที่ไม่ตัดสินความโหดร้ายของมาตรการเหล่านี้ได้รับแรงหนุนจากการรับรู้อย่างกว้างขวางจากทั้งสองฝ่ายว่าการลงจอดอีกครั้งกำลังใกล้เข้ามาทหารประจำการในฝรั่งเศสได้รับการปฏิบัติเหมือนเป็นเชลยศึกและต่อมามีการแลกเปลี่ยนโดยไม่คำนึงถึงสัญชาติ แต่ชาวจาโคไบท์ที่ถูกจับ 3,500 คนถูกตั้งข้อหากบฏในจำนวนนี้ 120 คนถูกประหารชีวิต โดยส่วนใหญ่เป็นทหารที่หลบหนีและเป็นสมาชิกของกรมทหารแมนเชสเตอร์ประมาณ 650 คนเสียชีวิตระหว่างรอการพิจารณาคดี900 คนได้รับการอภัยโทษและส่วนที่เหลือถูกส่งตัวไป