ในการเลือกตั้งทั่วไป พ.ศ. 2533 พันธมิตรอนุรักษ์นิยมฝ่ายขวา ได้แก่ Islamic Democratic Alliance (IDA) ซึ่งนำโดยนาวาซ ชารีฟ ได้รับการสนับสนุนมากพอที่จะจัดตั้งรัฐบาลได้นี่นับเป็นครั้งแรกที่พันธมิตรอนุรักษ์นิยมฝ่ายขวาเข้ายึดอำนาจภายใต้ระบบประชาธิปไตยในปากีสถานฝ่ายบริหารของชารีฟมุ่งเน้นไปที่การจัดการกับภาวะเงินเฟ้อของประเทศโดยการดำเนินนโยบายการแปรรูปและการเปิดเสรีทางเศรษฐกิจนอกจากนี้ รัฐบาลของเขายังคงนโยบายที่คลุมเครือเกี่ยวกับโครงการระเบิดปรมาณูของปากีสถานในระหว่างที่เขาดำรงตำแหน่ง ชารีฟได้เกี่ยวข้องกับปากีสถานในสงครามอ่าวในปี 1991 และเริ่มปฏิบัติการทางทหารต่อกองกำลังเสรีนิยมในการาจีในปี 1992 อย่างไรก็ตาม รัฐบาลของเขาเผชิญกับความท้าทายทางสถาบัน โดยเฉพาะอย่างยิ่งกับประธานาธิบดีกูลัม ข่านข่านพยายามที่จะไล่ชารีฟออกโดยใช้ข้อกล่าวหาแบบเดียวกับที่เขาเคยต่อสู้กับเบนาซีร์ บุตโตชารีฟถูกขับไล่ในตอนแรก แต่กลับคืนสู่อำนาจตามคำพิพากษาของศาลฎีกาในการดำเนินกลยุทธ์ทางการเมือง ชารีฟและบุตโตร่วมมือกันเพื่อถอดถอนประธานาธิบดีข่านออกจากตำแหน่งอย่างไรก็ตาม ระยะเวลาของชารีฟนั้นมีอายุสั้น เนื่องจากในที่สุดเขาก็ถูกบังคับให้ลาออกเนื่องจากแรงกดดันจากผู้นำทางทหาร