การดำรงตำแหน่งประธานาธิบดีของเปอร์เวซ มูชาร์ราฟ ตั้งแต่ปี 2542 ถึง 2550 นับเป็นครั้งแรกที่กองกำลังเสรีนิยมครองอำนาจสำคัญในปากีสถานมีการนำความคิดริเริ่มสำหรับการเปิดเสรีทางเศรษฐกิจ การแปรรูป และเสรีภาพของสื่อ โดยมี Shaukat Aziz ผู้บริหารของ Citibank เข้ามาควบคุมเศรษฐกิจรัฐบาลของมูชาร์ราฟให้นิรโทษกรรมแก่นักการเมืองจากพรรคเสรีนิยม โดยกีดกันพรรคอนุรักษ์นิยมและฝ่ายซ้ายMusharraf ขยายสื่อส่วนตัวอย่างมีนัยสำคัญ โดยมีเป้าหมายเพื่อต่อต้านอิทธิพลทางวัฒนธรรมของอินเดียศาลฎีกามีคำสั่งให้มีการเลือกตั้งทั่วไปภายในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2545 และมูชาร์ราฟรับรองการรุกราน อัฟกานิสถาน ของ สหรัฐฯ ในปี พ.ศ. 2544 ความตึงเครียดกับอินเดียในเรื่องแคชเมียร์นำไปสู่การเผชิญหน้าทางทหารในปี พ.ศ. 2545การลงประชามติในปี 2545 ของมูชาร์ราฟ ซึ่งถือเป็นข้อขัดแย้ง ได้ขยายวาระการดำรงตำแหน่งประธานาธิบดีของเขาการเลือกตั้งทั่วไปในปี 2545 มีทั้งพวกเสรีนิยมและกลุ่มศูนย์กลางได้รับเสียงข้างมาก โดยได้จัดตั้งรัฐบาลโดยได้รับการสนับสนุนจากมูชาร์ราฟการแก้ไขรัฐธรรมนูญของปากีสถานครั้งที่ 17 ทำให้การกระทำของมูชาร์ราฟมีความชอบธรรมย้อนหลัง และขยายเวลาการดำรงตำแหน่งประธานาธิบดีของเขาเชากัต อาซิซ ขึ้นเป็นนายกรัฐมนตรีในปี 2547 โดยมุ่งเน้นไปที่การเติบโตทางเศรษฐกิจ แต่ต้องเผชิญกับการต่อต้านเพื่อการปฏิรูปสังคมมูชาร์ราฟและอาซิซรอดชีวิตจากการพยายามลอบสังหารหลายครั้งที่เกี่ยวข้องกับอัลกออิดะห์ในระดับสากล ข้อกล่าวหาเรื่องการแพร่ขยายอาวุธนิวเคลียร์ทำให้ความน่าเชื่อถือเสื่อมเสียความท้าทายภายในประเทศรวมถึงความขัดแย้งในพื้นที่ชนเผ่าและการสงบศึกกับกลุ่มตอลิบานในปี 2549 แม้ว่าความรุนแรงทางนิกายยังคงมีอยู่ก็ตาม