ในปี 1999 ปากีสถานประสบกับรัฐประหารโดยทหารที่นำโดยนายพลเปอร์เวซ มูชาร์ราฟ และเจ้าหน้าที่ทหารที่กองบัญชาการร่วมเมื่อวันที่ 12 ตุลาคม พวกเขายึดการควบคุมจากรัฐบาลพลเรือนของนายกรัฐมนตรี นาวาซ ชารีฟสองวันต่อมา Musharraf ในฐานะประธานเจ้าหน้าที่บริหาร ได้ระงับรัฐธรรมนูญแห่งปากีสถานอย่างขัดแย้งการรัฐประหารเกิดขึ้นจากความตึงเครียดที่เพิ่มขึ้นระหว่างฝ่ายบริหารของชารีฟและกองทัพ โดยเฉพาะอย่างยิ่งกับนายพลมูชาร์ราฟความพยายามของชารีฟที่จะแทนที่มูชาร์ราฟด้วยพลโท เซียอุดดิน บัตต์ ในฐานะผู้บัญชาการทหารบก พบกับการต่อต้านจากเจ้าหน้าที่ทหารอาวุโส และนำไปสู่การควบคุมตัวของบัตต์การประหารชีวิตรัฐประหารเป็นไปอย่างรวดเร็วภายใน 17 ชั่วโมง ผู้บัญชาการทหารได้เข้ายึดสถาบันสำคัญๆ ของรัฐบาล ทำให้ชารีฟและคณะบริหารของเขา รวมถึงน้องชายของเขา ถูกกักบริเวณในบ้านกองทัพยังเข้าควบคุมโครงสร้างพื้นฐานการสื่อสารที่สำคัญอีกด้วยศาลฎีกาของปากีสถาน นำโดยหัวหน้าผู้พิพากษา อิร์ชาด ฮัสซัน ข่าน รับรองกฎอัยการศึกภายใต้ "หลักคำสอนเรื่องความจำเป็น" แต่จำกัดระยะเวลาไว้เพียง 3 ปีชารีฟถูกพิจารณาคดีและถูกตัดสินว่ามีความผิดฐานเป็นอันตรายต่อชีวิตบนเครื่องบินที่บรรทุกมูชาร์ราฟ การตัดสินใจที่ก่อให้เกิดความขัดแย้งในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2543 มูชาร์ราฟอภัยโทษชารีฟโดยไม่คาดคิด ซึ่งจากนั้นก็บินไปซาอุดีอาระเบียในปี 2544 มูชาร์ราฟขึ้นเป็นประธานาธิบดีหลังจากบังคับให้ประธานาธิบดีราฟิค ทาราร์ลาออกการลงประชามติระดับชาติในเดือนเมษายน พ.ศ. 2545 ซึ่งหลายคนวิพากษ์วิจารณ์ว่าเป็นการฉ้อโกง ขยายขอบเขตการปกครองของมูชาร์ราฟการเลือกตั้งทั่วไปในปี 2545 กลับคืนสู่ประชาธิปไตย โดย PML(Q) ของมูชาร์ราฟได้จัดตั้งรัฐบาลเสียงข้างน้อย