ระหว่างสงครามบอสเนียและสงครามโครเอเชีย พ.ศ. 2534-2538 มอนเตเนโกรได้เข้าร่วมกับกองกำลังตำรวจและทหารในการโจมตีเมืองดูบรอฟนิก โครเอเชีย และบอสเนีย พร้อมด้วยกองทหารเซอร์เบีย การกระทำเชิงรุกมุ่งเป้าไปที่การได้มาซึ่งดินแดนมากขึ้นด้วยกำลัง โดยมีรูปแบบที่สอดคล้องกันของ การละเมิดสิทธิมนุษยชนอย่างร้ายแรงและเป็นระบบตั้งแต่นั้นมานายพลพาฟเล สตรูการ์แห่งมอนเตเนกรินก็ถูกตัดสินว่ามีความผิดฐานมีส่วนร่วมในการวางระเบิดเมืองดูบรอฟนิกผู้ลี้ภัยชาวบอสเนียถูกตำรวจมอนเตเนกรินจับกุมและถูกส่งไปยังค่ายชาวเซิร์บในFoča ซึ่งพวกเขาถูกทรมานและประหารชีวิตอย่างเป็นระบบในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2535 องค์การสหประชาชาติได้ออกคำสั่งคว่ำบาตร FRY ซึ่งส่งผลกระทบต่อชีวิตหลายด้านในประเทศเนื่องจากที่ตั้งทางภูมิศาสตร์ที่ดี (เข้าถึงทะเลเอเดรียติกและมีทางเชื่อมต่อทางน้ำไปยัง แอลเบเนีย ผ่านทะเลสาบสกาดาร์) มอนเตเนโกรจึงกลายเป็นศูนย์กลางของการลักลอบขนสินค้าการผลิตทางอุตสาหกรรมของมอนเตเนโกรทั้งหมดได้หยุดลง และกิจกรรมทางเศรษฐกิจหลักของสาธารณรัฐคือการลักลอบขนสินค้าอุปโภคบริโภค โดยเฉพาะอย่างยิ่งสินค้าที่ขาดแคลน เช่น น้ำมันและบุหรี่ ซึ่งทั้งสองอย่างนี้มีราคาพุ่งสูงขึ้นมันกลายเป็นวิธีปฏิบัติที่ถูกต้องตามกฎหมายโดยพฤตินัยและดำเนินไปเป็นเวลาหลายปีอย่างดีที่สุด รัฐบาลมอนเตเนโกรเมินเฉยต่อกิจกรรมที่ผิดกฎหมายดังกล่าว แต่ส่วนใหญ่ก็มีส่วนร่วมอย่างแข็งขันในกิจกรรมดังกล่าวการลักลอบขนของเถื่อนทำให้เศรษฐีมาจากบุคคลลึกลับทุกประเภท รวมถึงเจ้าหน้าที่ระดับสูงของรัฐด้วยMilo DUukanović ยังคงเผชิญกับการดำเนินการในศาลอิตาลีหลายแห่งเกี่ยวกับบทบาทของเขาในการลักลอบขนคนเข้าเมืองอย่างกว้างขวางในช่วงทศวรรษ 1990 และในการจัดเตรียมที่หลบภัยในมอนเตเนโกรสำหรับบุคคลมาเฟียชาวอิตาลีกลุ่มต่างๆ ที่ถูกกล่าวหาว่ามีส่วนร่วมในห่วงโซ่การลักลอบขนของเถื่อนด้วย