สุลต่านองค์ใหม่ได้สถาปนาเมืองหลวงใหม่ริมแม่น้ำยะโฮร์ และจากนั้นก็คุกคามชาวโปรตุเกสทางตอนเหนือต่อไปเขาทำงานร่วมกับน้องชายของเขาในเประและสุลต่านแห่งปะหังอย่างสม่ำเสมอเพื่อยึดมะละกาคืน ซึ่งในเวลานี้ได้รับการคุ้มครองโดยป้อม A Famosaทางตอนเหนือของสุมาตราในช่วงเวลาเดียวกัน สุลต่านอาเจะห์เริ่มได้รับอิทธิพลอย่างมากเหนือช่องแคบมะละกาเมื่อมะละกาตกไปอยู่ในมือของคริสเตียน พ่อค้าชาวมุสลิมมักจะข้ามมะละกาไปเพื่อไปอาเจะห์หรือเมืองหลวงของยะโฮร์อย่างยะโฮร์ลามะ (โกตาบาตู) ด้วยเช่นกันดังนั้นมะละกาและอาเจะห์จึงกลายเป็นคู่แข่งกันโดยตรงด้วยความที่โปรตุเกสและยะโฮร์ปิดฉากอยู่บ่อยครั้ง อาเจะห์จึงเปิดการโจมตีหลายครั้งกับทั้งสองฝ่ายเพื่อกระชับการยึดเกาะเหนือช่องแคบการเพิ่มขึ้นและการขยายตัวของอาเจะห์สนับสนุนให้ชาวโปรตุเกสและยะโฮร์ลงนามในข้อตกลงพักรบและหันเหความสนใจไปที่อาเจะห์อย่างไรก็ตาม การพักรบเกิดขึ้นเพียงระยะเวลาสั้นๆ และเมื่ออาเจะห์อ่อนแอลงอย่างรุนแรง ยะโฮร์และโปรตุเกสก็กลับมาพบกันอีกครั้งระหว่างการปกครองของสุลต่านอิสกันดาร์ มูดา อาเจะห์โจมตียะโฮร์ในปี ค.ศ. 1613 และอีกครั้งในปี ค.ศ. ^[1615]