ราชาหิเจา ราชินีเขียว ขึ้นครองบัลลังก์ปาตานีในปี พ.ศ. 2127 เนื่องจากขาดทายาทที่เป็นผู้ชายเธอยอมรับอำนาจของสยามและรับตำแหน่งเปราเกาภายใต้การปกครองของพระองค์ซึ่งกินเวลา 32 ปี ปาตานีเจริญรุ่งเรืองกลายเป็นศูนย์กลางทางวัฒนธรรมและศูนย์กลางการค้าที่โดดเด่นพ่อค้าชาวจีน มาเลย์ สยาม โปรตุเกส ญี่ปุ่น ดัตช์ และอังกฤษ แวะเวียนเข้ามาที่ปาตานี ซึ่งมีส่วนทำให้เศรษฐกิจเติบโตโดยเฉพาะพ่อค้าชาวจีนมีบทบาทสำคัญในการผงาดให้ปาตานีเป็นศูนย์กลางการค้าขาย และพ่อค้าชาวยุโรปมองว่าปาตานีเป็นประตูสู่ตลาดจีนหลังรัชสมัยของราชาฮิเจา ปาตานีถูกปกครองโดยราชินีหลายพระองค์ รวมถึงราชาบีรู (ราชินีสีน้ำเงิน) ราชาอุนกู (ราชินีสีม่วง) และราชาคูนิง (ราชินีเหลือง)ราชาพิรูรวมรัฐสุลต่านกลันตันเข้าในปาตานี ในขณะที่ราชาอุนกูก่อตั้งพันธมิตรและต่อต้านการครอบงำของสยาม ซึ่งนำไปสู่ความขัดแย้งกับสยามการครองราชย์ของราชา กูนิง ถือเป็นการเสื่อมอำนาจและอิทธิพลของปาตานีเธอแสวงหาการปรองดองกับสยาม แต่การปกครองของเธอเต็มไปด้วยความไม่มั่นคงทางการเมืองและการค้าขายที่ลดลงในช่วงกลางศตวรรษที่ 17 อำนาจของราชินีปาตานีได้ลดน้อยลง และความวุ่นวายทางการเมืองก็แพร่ระบาดไปทั่วภูมิภาคราชา กูนิง ถูกกล่าวหาว่าถูกราชาแห่งกลันตันโค่นล้มในปี ค.ศ. 1651 โดยเป็นจุดเริ่มต้นของราชวงศ์กลันตันในปาตานีภูมิภาคนี้เผชิญกับการกบฏและการรุกราน โดยเฉพาะอย่างยิ่งจากกรุงศรีอยุธยาเมื่อถึงปลายคริสต์ศตวรรษที่ 17 ความไม่สงบทางการเมืองและความไร้กฎหมายทำให้พ่อค้าต่างชาติท้อใจจากการค้าขายกับปาตานี ส่งผลให้การค้าขายเสื่อมถอยลงดังที่อธิบายไว้ในแหล่งข่าวของจีน