สุลต่านคนสุดท้ายของราชวงศ์มะละกา สุลต่านมะห์มุด ชาห์ที่ 2 เป็นที่รู้จักจากพฤติกรรมที่ไม่อยู่กับร่องกับรอย ซึ่งส่วนใหญ่ไม่ได้รับการตรวจสอบหลังจากการสวรรคตของเบนเดฮารา ฮาบิบ และการแต่งตั้งเบนดาฮารา อับดุล จาลิล ในเวลาต่อมาพฤติกรรมนี้สิ้นสุดลงเมื่อสุลต่านสั่งให้ประหารชีวิตภรรยาที่ตั้งครรภ์ของขุนนางด้วยการละเมิดเล็กน้อยเพื่อเป็นการตอบโต้ สุลต่านถูกสังหารโดยขุนนางผู้โศกเศร้า ทำให้บัลลังก์ว่างลงในปี 1699 Orang Kayas ที่ปรึกษาของสุลต่านหันไปหา Sa Akar DiRaja, Raja Temenggong แห่ง Muar ซึ่งเสนอแนะให้ Bendahara Abdul Jalil สืบทอดบัลลังก์อย่างไรก็ตาม การสืบราชสันตติวงศ์พบกับความไม่พอใจบางประการ โดยเฉพาะจากอุรังลาอุตในช่วงเวลาแห่งความไม่มั่นคงนี้ กลุ่มที่มีอำนาจเหนือกว่าสองกลุ่มในรัฐยะโฮร์ ได้แก่ บูกิสและมินังกาบาว มองเห็นโอกาสในการใช้อำนาจMinangkabau แนะนำ Raja Kecil เจ้าชายที่อ้างว่าเป็นโอรสมรณกรรมของสุลต่านมะห์มุดที่ 2ด้วยคำมั่นสัญญาว่าจะมั่งคั่งและมีอำนาจ ในตอนแรก Bugis จึงสนับสนุน Raja Kecilอย่างไรก็ตาม Raja Kecil ทรยศพวกเขาและสวมมงกุฎเป็นสุลต่านแห่งยะโฮร์โดยไม่ได้รับความยินยอม ทำให้สุลต่านอับดุล จาลิลที่ 4 คนก่อนต้องหลบหนีและถูกลอบสังหารในที่สุดเพื่อเป็นการตอบโต้ บูกิสผนึกกำลังกับราชาสุไลมาน บุตรชายของสุลต่านอับดุล จาลิลที่ 4 ซึ่งนำไปสู่การโค่นล้มราชาเคซิลในปี พ.ศ. 2265 ขณะที่ราชาสุไลมานขึ้นครองตำแหน่งสุลต่าน เขาก็ได้รับอิทธิพลอย่างมากจากบูกิสซึ่งมีผลให้ปกครองยะโฮร์ตลอดรัชสมัยของสุลต่านสุไลมาน บาดรูล อาลัม ชาห์ในช่วงกลางศตวรรษที่ 18 กลุ่มบูกิสได้ใช้อำนาจควบคุมการบริหารงานของรัฐยะโฮร์อย่างมีนัยสำคัญอิทธิพลของพวกเขามีมากขึ้นจนในปี ค.ศ. 1760 ตระกูลบูกิสหลายตระกูลได้แต่งงานกันในเชื้อสายราชวงศ์ยะโฮร์ ซึ่งทำให้การปกครองของพวกเขาแข็งแกร่งยิ่งขึ้นภายใต้การนำของพวกเขา ยะโฮร์มีประสบการณ์การเติบโตทางเศรษฐกิจ โดยได้รับแรงหนุนจากการรวมตัวกันของผู้ค้าชาวจีนอย่างไรก็ตาม ในช่วงปลายศตวรรษที่ 18 Engkau Muda แห่งฝ่าย Temenggong เริ่มทวงคืนอำนาจ โดยวางรากฐานสำหรับความเจริญรุ่งเรืองในอนาคตของสุลต่านภายใต้การแนะนำของ Temenggong Abdul Rahman และลูกหลานของเขา