ชาวสเปนแบ่งรัฐแคลิฟอร์เนียออกเป็นสองส่วน คือ Baja California และ Alta California เป็นจังหวัดของ New Spain (เม็กซิโก)บาจาหรือแคลิฟอร์เนียตอนล่างประกอบด้วยคาบสมุทรบาฮาและสิ้นสุดประมาณที่ซานดิเอโก แคลิฟอร์เนีย ซึ่งอัลตาแคลิฟอร์เนียเริ่มต้นขึ้นขอบเขตทางตะวันออกและทางเหนือของอัลตาแคลิฟอร์เนียนั้นไม่มีกำหนด เนื่องจากชาวสเปนแม้จะขาดการปรากฏตัวทางกายภาพและการตั้งถิ่นฐาน แต่ก็อ้างสิทธิ์ในทุกสิ่งโดยพื้นฐานแล้วในพื้นที่ทางตะวันตกของสหรัฐอเมริกาในปัจจุบันภารกิจถาวรครั้งแรกในบาฮากาลิฟอร์เนีย Misión de Nuestra Señora de Loreto Conchó ก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 15 ตุลาคม ค.ศ. 1697 โดยบาทหลวงนิกายเยซูอิต Juan Maria Salvatierra (1648–1717) พร้อมด้วยลูกเรือบนเรือลำเล็กหนึ่งลำและทหารหกนายหลังจากก่อตั้ง Missions ใน Alta California หลังปี 1769 ชาวสเปนถือว่า Baja California และ Alta California หรือที่รู้จักในชื่อ Las Californias เป็นหน่วยการบริหารเดียวโดยมี Monterey เป็นเมืองหลวง และอยู่ภายใต้เขตอำนาจของ Viceroyalty of New Spain ซึ่งมีฐานอยู่ในเม็กซิโก เมือง.ภารกิจเกือบทั้งหมดใน Baja California ก่อตั้งขึ้นโดยสมาชิกของนิกายเยซูอิตที่ได้รับการสนับสนุนจากทหารเพียงไม่กี่คนหลังจากความขัดแย้งทางอำนาจระหว่างพระเจ้าชาร์ลส์ที่ 3 แห่งสเปนและคณะเยซูอิต วิทยาลัยเยซูอิตถูกปิด และคณะเยซูอิตถูกขับไล่ออกจากเม็กซิโกและอเมริกาใต้ในปี พ.ศ. 2310 และส่งตัวกลับสเปนหลังจากการบังคับขับไล่คณะเยซูอิต ภารกิจส่วนใหญ่ถูกยึดครองโดยฟรานซิสกันและนักบวชนิกายโดมินิกันในเวลาต่อมาทั้งสองกลุ่มนี้อยู่ภายใต้การควบคุมโดยตรงของสถาบันกษัตริย์สเปนการปรับโครงสร้างองค์กรครั้งนี้ทำให้ภารกิจจำนวนมากถูกละทิ้งในโซโนรา เม็กซิโก และบาฮากาลิฟอร์เนียความกังวลเกี่ยวกับการบุกรุกของพ่อค้าอังกฤษและรัสเซียในอาณานิคมของสเปนในแคลิฟอร์เนีย ทำให้มีการขยายภารกิจของคณะฟรานซิสกันไปยังอัลตา แคลิฟอร์เนีย ตลอดจนประธานาธิบดี