Раёсати Парвиз Мушарраф аз соли 1999 то 2007 бори аввал буд, ки нерӯҳои либералӣ қудрати қобили мулоҳизае дар Покистонро дар даст доштанд.Ташаббусҳо барои либерализатсияи иқтисод, хусусигардонӣ ва озодии ВАО ҷорӣ карда шуданд, ки роҳбари Citibank Шаукат Азиз иқтисодро таҳти назорат гирифт.Хукумати Мушарраф ба ходимони сиёсии партияхои либералй афв кард, ки консерваторон ва чапгароёнро канор гирифт.Мушарраф матбуоти хусусиро ба таври назаррас васеъ кард, ки ҳадафаш муқобила бо таъсири фарҳангии Ҳиндустон буд.Додгоҳи олӣ то моҳи октябри соли 2002 баргузории интихоботи умумиро амр кард ва Мушарраф ҳамлаи Амрико ба Афғонистон дар соли 2001-ро ҷонибдорӣ кард. Танишҳо бо Ҳиндустон бар сари Кашмир дар соли 2002 боиси даргирии низомӣ шуд.Раъйпурсии Мушарраф дар соли 2002, ки баҳсбарангез хонда шуда буд, мӯҳлати раёсати ҷумҳурии ӯро тамдид кард.Дар интихоботи умумии соли 2002 либералҳо ва центристҳо аксариятро ба даст оварда, бо пуштибонии Мушарраф ҳукумат ташкил карданд.Тағйироти 17-уми Қонуни асосии Покистон амалҳои Мушаррафро ба таври бозгашт қонунӣ кард ва мӯҳлати раёсати ҷумҳурии ӯро тамдид кард.Шавкат Азиз дар соли 2004 нахуствазир шуд ва ба рушди иқтисодӣ тамаркуз кард, аммо бо мухолифат бо ислоҳоти иҷтимоӣ рӯбарӯ шуд.Мушарраф ва Азиз аз чанд суиқасд ба ҷони Ал-Қоида рабт доштаанд.Дар микьёси байналхалкй даъвохо дар бораи пахн кардани яроки ядрой эътибори онхоро резонданд.Мушкилоти дохилӣ низоъҳо дар манотиқи қабилавӣ ва созиш бо Толибон дар соли 2006 буд, ҳарчанд хушунатҳои мазҳабӣ идома доштанд.