Дар ибтидои асри 16, пас аз забт кардани Мисри усмонӣ дар соли 1517, Султон Селим I Юнус Пошоро волии Миср таъин кард, аммо ба зудӣ ба далели фасодкорӣ ба ҷои ӯ Ҳайир Бей таъин шуд.^[97] Ин давра муборизаи қудрат байни намояндагони усмонӣ вамамлюкҳо буд, ки нуфузи назаррасро нигоҳ медоштанд.Мамлюкњо ба сохтори маъмурї дохил шуда, дар 12 санљоки Миср мавќеъњои асосиро ишѓол мекарданд.Дар аҳди Султон Сулаймони Ќонунї Девони Бузург ва Девони хурд барои кўмак ба пошо бо намояндагии артиш ва маќомоти динї таъсис дода шуд.Селим барои ҳимояи Миср шаш полк таъсис дод, ки Сулаймон ба онҳо ҳафтумро илова намуд.^[98]Маъмурияти усмонӣ ҳокими Мисрро зуд-зуд иваз мекард, аксар вақт ҳар сол.Як губернатор Ҳаин Аҳмад Пошо кӯшиш кард, ки истиқлолият барқарор кунад, аммо монеъ шуд ва ба қатл расид.^[98] Соли 1527 дар Миср тадќиќоти замин гузаронида шуд, ки заминњоро ба чор намуд људо кард: мулки султон, фуфњо, заминњои нигоњдории њарбї ва заминњои бунёди динї.Ин назарсанҷӣ соли 1605 амалӣ карда шуд. ^[98]Асри 17-ум дар Миср бо шӯришҳои низомӣ ва низоъҳо хос буд, ки аксар вақт аз сабаби кӯшиши ҷилавгирӣ аз тамаъҷӯӣ аз ҷониби қӯшунҳо буд.Дар соли 1609 як низоъи ҷиддӣ боиси пирӯзии Карамеҳмед Пошо ба Қоҳира ва баъдан ислоҳоти молӣ шуд.^[98] Дар ин муддат бекҳои маҳаллии мамлюк дар маъмурияти Миср бартарӣ пайдо карда, аксар вақт мансабҳои низомиро ишғол мекарданд ва ба ҳокимони аз ҷониби усмонӣ таъйиншуда мухолифат мекарданд.^[99] Артиши Миср, ки робитаи қавии маҳаллӣ дошт, зуд-зуд ба таъини ҳокимон таъсир мерасонд ва аз болои маъмурият назорати ҷиддӣ дошт.^[100]Дар аср инчунин афзоиши ду гурӯҳи бонуфуз дар Миср мушоҳида шуд: Фақарӣ, ки бо аскарони савораи усмонӣ иртибот доштанд ва Қосимӣ, ки бо сарбозони мисрии ватанӣ алоқаманд буданд.Ин гурӯҳҳо, ки бо рангҳо ва рамзҳои хоси худ нишон дода шудаанд, ба идоракунӣ ва сиёсати Мисри Усмонӣ таъсири назаррас расониданд.^[101]