1988 இல், ஜனாதிபதி ஜியா-உல்-ஹக்கின் மரணத்தைத் தொடர்ந்து பொதுத் தேர்தலுடன் பாகிஸ்தானில் ஜனநாயகம் மீண்டும் நிலைநாட்டப்பட்டது.இந்தத் தேர்தல்கள் பாகிஸ்தான் மக்கள் கட்சி (PPP) மீண்டும் ஆட்சிக்கு வர வழிவகுத்தது, பெனாசிர் பூட்டோ பாகிஸ்தானின் முதல் பெண் பிரதமராகவும், முஸ்லீம் பெரும்பான்மை நாட்டில் முதல் பெண் அரசாங்கத் தலைவராகவும் ஆனார்.இந்த காலகட்டம், 1999 வரை நீடித்தது, நவாஸ் ஷெரீப் தலைமையிலான மத்திய-வலது பழமைவாதிகள் மற்றும் பெனாசிர் பூட்டோவின் கீழ் மத்திய-இடது சோசலிஸ்டுகள் கொண்ட போட்டித்தன்மை கொண்ட இரு கட்சி அமைப்பு முறையால் வகைப்படுத்தப்பட்டது.அவரது பதவிக்காலத்தில், பூட்டோ பனிப்போரின் இறுதிக் கட்டத்தில் பாகிஸ்தானை வழிநடத்தினார், கம்யூனிசத்தின் மீதான பகிரப்பட்ட அவநம்பிக்கையின் காரணமாக மேற்கத்திய சார்பு கொள்கைகளைப் பேணினார்.ஆப்கானிஸ்தானில் இருந்து சோவியத் துருப்புக்கள் வெளியேறுவதை அவரது அரசாங்கம் கண்டது.இருப்பினும், பாகிஸ்தானின் அணுகுண்டு திட்டம் கண்டுபிடிக்கப்பட்டதால், அமெரிக்காவுடனான உறவில் விரிசல் ஏற்பட்டு பொருளாதார தடைகள் விதிக்கப்பட்டன.பூட்டோவின் அரசாங்கம் ஆப்கானிஸ்தானிலும் சவால்களை எதிர்கொண்டது, ஒரு தோல்வியுற்ற இராணுவத் தலையீடு உளவுத்துறை சேவை இயக்குநர்கள் பதவி நீக்கம் செய்ய வழிவகுத்தது.ஏழாவது ஐந்தாண்டுத் திட்டம் உட்பட பொருளாதாரத்தை புத்துயிர் பெறுவதற்கான முயற்சிகள் இருந்தபோதிலும், பாக்கிஸ்தான் தேக்கநிலையை சந்தித்தது, பூட்டோவின் அரசாங்கம் இறுதியில் கன்சர்வேடிவ் ஜனாதிபதி குலாம் இஷாக் கானால் டிஸ்மிஸ் செய்யப்பட்டது.