1999 முதல் 2007 வரை பர்வேஸ் முஷாரஃப் ஜனாதிபதியாக இருந்தபோது, ​​தாராளவாத சக்திகள் பாகிஸ்தானில் குறிப்பிடத்தக்க அதிகாரத்தைக் கைப்பற்றியது.பொருளாதார தாராளமயமாக்கல், தனியார்மயமாக்கல் மற்றும் ஊடக சுதந்திரத்திற்கான முன்முயற்சிகள் அறிமுகப்படுத்தப்பட்டன, சிட்டி வங்கியின் நிர்வாகி ஷௌகத் அஜீஸ் பொருளாதாரத்தின் கட்டுப்பாட்டை எடுத்துக் கொண்டார்.பழமைவாதிகள் மற்றும் இடதுசாரிகளை ஓரங்கட்டி, லிபரல் கட்சிகளைச் சேர்ந்த அரசியல் தொழிலாளர்களுக்கு முஷாரப்பின் அரசாங்கம் பொதுமன்னிப்பு வழங்கியது.இந்தியாவின் கலாச்சார செல்வாக்கை எதிர்க்கும் நோக்கில், தனியார் ஊடகங்களை முஷாரப் கணிசமாக விரிவுபடுத்தினார்.உச்ச நீதிமன்றம் அக்டோபர் 2002க்குள் பொதுத் தேர்தல்களுக்கு உத்தரவிட்டது, 2001ல் ஆப்கானிஸ்தான் மீதான அமெரிக்க படையெடுப்பை முஷாரப் ஆமோதித்தார். காஷ்மீர் தொடர்பாக இந்தியாவுடனான பதட்டங்கள் 2002 இல் இராணுவ நிலைப்பாட்டிற்கு வழிவகுத்தது.முஷாரப்பின் 2002 வாக்கெடுப்பு, சர்ச்சைக்குரியதாகக் கருதப்பட்டு, அவரது ஜனாதிபதி பதவிக் காலத்தை நீட்டித்தது.2002 பொதுத் தேர்தலில் தாராளவாதிகள் மற்றும் மத்தியவாதிகள் பெரும்பான்மையை வென்றனர், முஷாரப்பின் ஆதரவுடன் அரசாங்கத்தை அமைத்தனர்.பாகிஸ்தானின் அரசியலமைப்பின் 17 வது திருத்தம் முஷாரப்பின் நடவடிக்கைகளை முன்னோடியாக சட்டப்பூர்வமாக்கியது மற்றும் அவரது ஜனாதிபதி பதவியை நீட்டித்தது.சௌகத் அஜீஸ் 2004 இல் பிரதமரானார், பொருளாதார வளர்ச்சியில் கவனம் செலுத்தினார், ஆனால் சமூக சீர்திருத்தங்களுக்கான எதிர்ப்பை எதிர்கொண்டார்.அல்-கொய்தாவுடன் தொடர்புடைய பல கொலை முயற்சிகளில் முஷாரப் மற்றும் அஜீஸ் உயிர் தப்பினர்.சர்வதேச அளவில், அணு ஆயுதப் பரவல் குற்றச்சாட்டுகள் அவர்களின் நம்பகத்தன்மையைக் கெடுத்தன.உள்நாட்டு சவால்களில் பழங்குடியினர் பகுதிகளில் மோதல்கள் மற்றும் 2006 இல் தலிபான்களுடன் ஒரு போர்நிறுத்தம் ஆகியவை அடங்கும், இருப்பினும் மதவெறி வன்முறை நீடித்தது.