Ukhalifa wa Fatimid , nasaba ya Kishia wa Isma'ili, ulikuwepo kuanzia karne ya 10 hadi 12 BK.Ilipewa jina la Fatima, binti wa Mtume wa KiislamuMuhammad , na mumewe, Ali ibn Abi Talib.Wafatimidi walitambuliwa na jumuiya mbalimbali za Kiismaili na madhehebu mengine ya Kiislamu.^[87] Utawala wao ulienea kutoka magharibi mwa Mediterania hadi Bahari Nyekundu, ikijumuisha Afrika Kaskazini, sehemu za Maghreb, Sicily, Levant, na Hejazi.Dola ya Fatimid ilianzishwa kati ya 902 na 909 CE chini ya uongozi wa Abu Abdallah.Alimshinda Aghlabid Ifriqiya, akitengeneza njia kwa ajili ya Ukhalifa.^[88] Abdallah al-Mahdi Billah, anayetambuliwa kama Imamu, akawa Khalifa wa kwanza mnamo 909 CE.^[89] Hapo awali, al-Mahdiyya ilitumika kama mji mkuu, iliyoanzishwa mwaka wa 921 CE, kisha ikahamia al-Mansuriyya mwaka wa 948 CE.Chini ya utawala wa al-Mu'izz, Misri ilitekwa mnamo 969 CE, na Cairo ilianzishwa kama mji mkuu mpya mnamo 973 CE.Misri ikawa kitovu cha kitamaduni na kidini cha ufalme huo, ikikuza utamaduni wa kipekee wa Kiarabu.^[90]Ukhalifa wa Fatimid ulijulikana kwa uvumilivu wake wa kidini kwa Waislamu wasio Washia, Wayahudi, na Wakristo , ^[91] ingawa ulijitahidi kuwageuza wakazi wa Misri kwenye imani zao.^[92] Wakati wa enzi za al-'Aziz na al-Hakim, na hasa chini ya al-Mustansir, Ukhalifa uliwaona makhalifa wakijihusisha kidogo na masuala ya serikali, huku watawala wakipata mamlaka zaidi.^[93] Miaka ya 1060 ilileta vita vya wenyewe kwa wenyewe, vilivyochochewa na migawanyiko ya kisiasa na kikabila ndani ya jeshi, na kutishia himaya.^[94]Licha ya uamsho mfupi chini ya mtawala Badr al-Jamali, Ukhalifa wa Fatimid ulipungua mwishoni mwa karne ya 11 na 12, ^[95] ulidhoofishwa zaidi na Waturuki wa Seljuk huko Syria na Wapiganaji wa Vita vya Msalaba katika Upande wa Msalaba.^[94] Mnamo 1171 CE, Saladin alikomesha utawala wa Fatimid, akaanzisha nasaba ya Ayyubid na kuunganisha tena Misri katika mamlaka ya Ukhalifa wa Abbasid .^[96]