First Fitna, ett stort tidigt islamiskt inbördeskrig, ledde till betydande förändringar i Egyptens styre.Under denna period utsåg kalifen Ali Muhammad ibn Abi Bakr till Egyptens guvernör.Emellertid besegrade Amr ibn al-As, som stödde umayyaderna , Ibn Abi Bakr 658 och styrde Egypten fram till sin död 664. Under umayyaderna fortsatte pro-umayyadiska partisaner som Maslama ibn Mukhallad al-Ansari att styra Egypten fram till den andra Fitna .Under denna konflikt etablerades den Kharijite-stödda Zubayrid-regimen, impopulär bland lokala araber.Umayyad-kalifen Marwan I invaderade Egypten 684, återinförde Umayyad-kontrollen och utsåg sin son, Abd al-Aziz, till guvernör, som regerade effektivt som vicekung i 20 år.^[82]Under Umayyaderna genomförde guvernörer som Abd al-Malik ibn Rifa'a al-Fahmi och Ayyub ibn Sharhabil, utvalda från den lokala militära eliten (jund), politik som ökade trycket på kopterna och initierade islamisering.^[83] Detta ledde till flera koptiska revolter på grund av höjd skatt, den mest anmärkningsvärda var 725. Arabiska blev det officiella regeringsspråket 706, vilket bidrog till bildandet av egyptisk arabiska.Umayyadperioden slutade med ytterligare revolter 739 och 750.Under den abbasidiska perioden upplevde Egypten nya skatter och ytterligare koptiska revolter.Kalifen al-Mu'tasims beslut 834 att centralisera makten och den finansiella kontrollen ledde till betydande förändringar, inklusive ersättningen av lokala arabiska trupper med turkiska soldater.På 900-talet såg den muslimska befolkningen överträffa de koptiska kristna , med arabiserings- och islamiseringsprocesser som intensifierades."Anarkin i Samarra" i det abbasidiska hjärtat underlättade uppkomsten av Alids revolutionära rörelser i Egypten.^[84]Tulunidperioden började 868 när Ahmad ibn Tulun utsågs till guvernör, vilket markerade en förändring mot Egyptens politiska självständighet.Trots interna maktkamper etablerade Ibn Tulun ett de facto oberoende styre, ackumulerade betydande rikedomar och utökade inflytande in i Levanten.Hans efterträdare stod emellertid inför interna stridigheter och yttre hot, vilket ledde till den abbasidiska återerövringen av Egypten 905. ^[85]Efter Tulunid Egypten såg fortsatta konflikter och uppkomsten av inflytelserika personer som den turkiske befälhavaren Muhammad ibn Tughj al-Ikhshid.Hans död 946 ledde till den fredliga efterföljden av hans son Unujur och det efterföljande styret av Kafur.Fatimidernas erövring 969 avslutade dock denna period och inledde en ny era av egyptisk historia.^[86]