Në vitin 1947, Pakistani u shfaq si një komb i ri me Liaquat Ali Khan si Kryeministër të parë dhe Muhammad Ali Jinnah si Guvernator të Përgjithshëm dhe Kryetar të Parlamentit.Jinnah, duke refuzuar ofertën e Lord Mountbatten për të qenë Guvernator i Përgjithshëm për Indinë dhe Pakistanin, e udhëhoqi vendin deri në vdekjen e tij në 1948. Nën udhëheqjen e tij, Pakistani ndërmori hapa drejt shndërrimit në një shtet islamik, veçanërisht me prezantimin e Rezolutës së Objektivave nga Kryeministri Khan në vitin 1949, duke theksuar sovranitetin e Allahut.Rezoluta e Objektivave deklaroi se sovraniteti mbi të gjithë universin i përket Allahut të Plotfuqishëm.^[5]Vitet e hershme të Pakistanit panë gjithashtu një migrim të konsiderueshëm nga India, veçanërisht në Karaçi, ^[6] kryeqyteti i parë.Për të forcuar infrastrukturën financiare të Pakistanit, Sekretari i tij i Financave Victor Turner zbatoi politikën e parë monetare të vendit.Kjo përfshinte krijimin e institucioneve kyçe si Banka e Shtetit, Byroja Federale e Statistikave dhe Bordi Federal i të Ardhurave, që synonin rritjen e aftësive të vendit në financa, tatimet dhe mbledhjen e të ardhurave.^[7] Megjithatë, Pakistani hasi probleme të rëndësishme me Indinë.Në prill të vitit 1948, India ndërpreu furnizimin me ujë në Pakistan nga dy kanalet kryesore në Punjab, duke përkeqësuar tensionet midis dy vendeve.Për më tepër, India fillimisht mbajti pjesën e aktiveve dhe fondeve të Pakistanit nga India e Bashkuar.Këto pasuri u liruan përfundimisht nën presionin e Mahatma Gandhi.^[8] Problemet territoriale u ngritën me Afganistanin fqinj mbi kufirin Pakistan-Afganistan në 1949, dhe me Indinë mbi Linjën e Kontrollit në Kashmir.^[9]Vendi kërkoi gjithashtu njohje ndërkombëtare, me Iranin që ishte i pari që e njohu atë, por u përball me hezitimin fillestar nga Bashkimi Sovjetik dhe Izraeli .Pakistani ndoqi në mënyrë aktive udhëheqjen brenda botës myslimane, duke synuar bashkimin e vendeve muslimane.Kjo ambicie, megjithatë, u përball me skepticizëm ndërkombëtar dhe midis disa kombeve arabe.Pakistani gjithashtu mbështeti lëvizje të ndryshme për pavarësi në botën myslimane.Brenda vendit, politika gjuhësore u bë një çështje e diskutueshme, me Jinnah që shpalli Urdu si gjuhë shtetërore, gjë që çoi në tensione në Bengalin Lindor.Pas vdekjes së Jinnah në 1948, Sir Khawaja Nazimuddin u bë Guvernator i Përgjithshëm, duke vazhduar përpjekjet për ndërtimin e kombit në vitet e formimit të Pakistanit.