Ekspedita franceze në Egjipt , gjoja për të mbështetur Portën Osmane dhe për të shtypurMamlukët , u drejtua nga Napoleon Bonaparte.Shpallja e Bonapartit në Aleksandri theksoi barazinë, meritat dhe respektin për Islamin, në kontrast me mungesën e supozuar të Mamlukëve të këtyre cilësive.Ai premtoi akses të hapur për të gjithë egjiptianët për poste administrative dhe sugjeroi rrëzimin e autoritetit papal për të demonstruar aderimin francez ndaj Islamit.^[102]Megjithatë, egjiptianët ishin skeptikë ndaj synimeve franceze.Pas fitores franceze në Betejën e Embabeh (Beteja e Piramidave), ku forcat e Murad Beut dhe Ibrahim Beut u mundën, në Kajro u formua një këshill bashkiak, duke përfshirë sheikë, mamlukët dhe anëtarë francezë, i cili kryesisht shërbente për të zbatuar dekretet franceze.^[102]Pamposhtshmëria franceze u vu në dyshim pas humbjes së flotës së tyre në Betejën e Nilit dhe dështimit në Egjiptin e Sipërm.Tensionet u përshkallëzuan me futjen e taksës së shtëpisë, duke çuar në një kryengritje në Kajro në tetor 1798. Gjenerali francez Dupuy u vra, por Bonaparte dhe gjenerali Kleber e shtypën shpejt kryengritjen.Përdorimi francez i xhamisë Al-Azhar si stallë shkaktoi ofendim të thellë.^[102]Ekspedita siriane e Bonapartit në 1799 dobësoi përkohësisht kontrollin francez në Egjipt.Pas kthimit të tij, ai mundi një sulm të përbashkët nga Murad Beu dhe Ibrahim Beu, dhe më vonë shtypi një ushtri turke në Aboukir.Më pas Bonaparte u largua nga Egjipti, duke emëruar Kleber si pasues të tij.^[102] Kleber u përball me një situatë të pasigurt.Pasi marrëveshjet fillestare për evakuimin francez u bllokuan nga britanikët, Kajro përjetoi trazira, të cilat Kleber i shtypi.Ai negocioi me Murad Beun, duke i dhënë atij kontrollin e Egjiptit të Sipërm, por Kleber u vra në qershor 1800. ^[102]Gjenerali Jacques-Francois Menou pasoi Kleber, duke u përpjekur të fitonte favorin e myslimanëve, por duke i larguar egjiptianët duke shpallur një protektorat francez.Në 1801, forcat angleze dhe turke zbarkuan në Abu Qir, duke çuar në disfata franceze.Gjenerali Belliard dorëzoi Kajron në maj dhe Menou kapitulloi në Aleksandri në gusht, duke i dhënë fund pushtimit francez.^[102] Trashëgimia e qëndrueshme e pushtimit francez ishte "Description de l'Egypte", një studim i detajuar i Egjiptit nga studiues francezë, i cili kontribuoi ndjeshëm në fushën e egjiptologjisë.^[102]