Në fillim të shekullit të 16-të, pas pushtimit osman të Egjiptit në 1517, Sulltan Selim I emëroi Junus Pashën si guvernator të Egjiptit, por ai u zëvendësua shpejt nga Hayır Beu për shkak të çështjeve të korrupsionit.^[97] Kjo periudhë shënoi një luftë për pushtet midis përfaqësuesve osmanë dhemamlukëve , të cilët ruajtën ndikim të rëndësishëm.Mamlukët u inkorporuan në strukturën administrative, duke mbajtur poste kyçe në 12 sanxhaqet e Egjiptit.Nën Sulltan Sulejmanin e Madhërishëm, Divani i Madh dhe Divani i Vogël u krijuan për të ndihmuar pashain, me përfaqësim nga ushtria dhe autoritetet fetare.Selim krijoi gjashtë regjimente për mbrojtjen e Egjiptit, të cilëve Sulejmani shtoi një të shtatë.^[98]Administrata osmane ndryshonte shpesh guvernatorin egjiptian, shpesh çdo vit.Një guvernator, Hain Ahmed Pasha, u përpoq të krijonte pavarësinë, por u pengua dhe u ekzekutua.^[98] Në vitin 1527, një studim i tokës u krye në Egjipt, duke e kategorizuar tokën në katër lloje: domenin e sulltanit, çifligjet, tokat e mirëmbajtjes ushtarake dhe tokat e themeleve fetare.Ky sondazh u zbatua në vitin 1605. ^[98]Shekulli i 17-të në Egjipt u karakterizua nga rebelime dhe konflikte ushtarake, shpesh për shkak të përpjekjeve për të frenuar zhvatjen nga trupat.Në 1609, një konflikt i rëndësishëm çoi në hyrjen triumfuese të Kara Mehmed Pashës në Kajro, e ndjekur nga reformat financiare.^[98] Gjatë kësaj kohe, bejlerët vendas mamluk fituan dominim në administratën egjiptiane, shpesh duke mbajtur poste ushtarake dhe duke sfiduar guvernatorët e emëruar nga osmanët.^[99] Ushtria egjiptiane, me lidhje të forta lokale, ndikoi shpesh në emërimin e guvernatorëve dhe kishte kontroll të konsiderueshëm mbi administratën.^[100]Shekulli pa gjithashtu ngritjen e dy fraksioneve me ndikim në Egjipt: Faqari, i lidhur me kalorësinë osmane dhe Qasimi, i lidhur me trupat vendase egjiptiane.Këto fraksione, të simbolizuara nga ngjyrat dhe simbolet e tyre të dallueshme, ndikuan ndjeshëm në qeverisjen dhe politikën e Egjiptit osman.^[101]