Kur Histiaeus dëgjoi për rënien e Miletit, ai duket se e ka emëruar veten si udhëheqës të rezistencës kundër Persisë .Duke u nisur nga Bizanti me forcën e tij të lezbikeve, ai lundroi për në Kios.Kianët nuk pranuan ta prisnin, kështu që ai sulmoi dhe shkatërroi mbetjet e flotës kiane.Të gjymtuar nga dy disfatat në det, kianët më pas u pajtuan me udhëheqjen e Histiaeus.Histiaeu mblodhi tani një forcë të madhe Jonësh dhe Eolianësh dhe shkoi të rrethonte Thasos.Megjithatë, ai më pas mori lajmin se flota persiane po nisej nga Mileti për të sulmuar pjesën tjetër të Jonit, kështu që ai u kthye shpejt në Lesbos.Për të ushqyer ushtrinë e tij, ai drejtoi ekspeditat e kërkimit të ushqimit në kontinent afër Atarneus dhe Myus.Një forcë e madhe persiane nën drejtimin e Harpagut ishte në zonë dhe përfundimisht ndaloi një ekspeditë kërkimore pranë Malene.Beteja që pasoi ishte e vështirë, por u përfundua nga një sulm i suksesshëm i kalorësisë persiane, duke thyer linjën greke.Vetë Histiaeu iu dorëzua Persianëve, duke menduar se do të ishte në gjendje të fliste për faljen e Darit.Megjithatë, në vend të kësaj, ai u dërgua te Artafernes, i cili, plotësisht i vetëdijshëm për tradhtinë e kaluar të Histiaeus, e vuri në shtyllë dhe më pas ia dërgoi kokën e balsamosur Darit.Flota dhe ushtria persiane dimëruan në Milet, përpara se të niseshin në vitin 493 pes për të shuar përfundimisht prushin e fundit të revoltës.Ata sulmuan dhe pushtuan ishujt e Kios, Lesbos dhe Tenedos.Në secilën prej tyre, ata krijuan një 'rrjet njerëzore' trupash dhe përfshinë të gjithë ishullin për të nxjerrë jashtë çdo rebel të fshehur.Më pas ata u zhvendosën në kontinent dhe pushtuan secilin nga qytetet e mbetura të Jonit, në mënyrë të ngjashme duke kërkuar ndonjë rebel të mbetur.Edhe pse qytetet e Jonit padyshim që u shkatërruan pas kësaj, asnjë prej tyre nuk duket të ketë pësuar fatin e Miletit.Herodoti thotë se Persianët zgjodhën djemtë më të bukur nga çdo qytet dhe i tredhin, dhe zgjodhën vajzat më të bukura dhe i dërguan në haremin e mbretit dhe më pas dogjën tempujt e qyteteve.Ndërsa kjo është ndoshta e vërtetë, Herodoti gjithashtu ndoshta e ekzagjeron shkallën e shkatërrimit. Në pak vite, qytetet ishin kthyer pak a shumë në normalitet dhe ata ishin në gjendje të pajisnin një flotë të madhe për pushtimin e dytë Persian të Greqisë, vetëm 13 vite më vonë.Ushtria persiane më pas ripushtoi vendbanimet në anën aziatike të Propontis, ndërsa flota persiane lundroi në brigjet evropiane të Hellespontit, duke marrë secilin vendbanim me radhë.Me gjithë Azinë e Vogël tashmë të rikthyer në mënyrë të vendosur nën sundimin pers, revolta më në fund përfundoi.