La moartea celui fără copii Feodor, la 7 ianuarie 1598, precum și la zvonurile asasinate a fratelui mult mai mic al lui Feodor, Dimitry, au condus la ascensiunea lui Boris la putere.Alegerea sa a fost propusă de Patriarhul Iov al Moscovei, care credea că Boris este singurul om capabil să facă față dificultăților situației.Boris, însă, ar accepta tronul numai de la Zemsky Sobor (adunarea națională), care s-a întrunit la 17 februarie și l-a ales în unanimitate la 21 februarie.La 1 septembrie, a fost încoronat solemn țar.El a recunoscut necesitatea ca Rusia să ajungă din urmă cu progresul intelectual al Occidentului și a făcut tot posibilul pentru a aduce reforme educaționale și sociale.A fost primul țar care a importat pe scară largă profesori străini, primul care a trimis tineri ruși în străinătate pentru a fi educați și primul care a permis construirea de biserici luterane în Rusia.