David Marshall a devenit primul ministru-șef al Singapore, conducând un guvern instabil care s-a confruntat cu tulburări sociale, exemplificate de evenimente precum revoltele autobuzelor din Hock Lee.În 1956, a condus negocierile la Londra pentru auto-conducere deplină, dar discuțiile au eșuat din cauza preocupărilor de securitate britanice, ducând la demisia sa.Succesorul său, Lim Yew Hock, a luat o atitudine dură împotriva grupărilor comuniste și de stânga, deschizând calea pentru ca britanicii să acorde Singapore deplină autoguvernare internă în 1958.La alegerile din 1959, Partidul Acțiunii Poporului (PAP), condus de Lee Kuan Yew, a ieșit învingător, iar Lee a devenit primul prim-ministru al Singapore.Guvernul său s-a confruntat cu scepticismul inițial din cauza fracțiunii pro-comuniste a partidului, ceea ce a dus la relocarea afacerilor în Kuala Lumpur.Cu toate acestea, sub conducerea lui Lee, Singapore a cunoscut o creștere economică, reforme educaționale și un program agresiv de locuințe publice.Guvernul a luat, de asemenea, măsuri pentru a reduce tulburările de muncă și pentru a promova limba engleză.În ciuda acestor realizări, liderii PAP credeau că viitorul Singapore este o fuziune cu Malaya .Ideea a fost plină de provocări, în special de opoziție din partea pro-comuniștilor din cadrul PAP și preocupări din partea Organizației Naționale a Malaezilor Unite din Malaya cu privire la echilibrul puterii rasiale.Cu toate acestea, perspectiva unei preluări comuniste în Singapore a schimbat sentimentele în favoarea fuziunii.În 1961, prim-ministrul Malaeziei, Tunku Abdul Rahman, a propus o Federație a Malaeziei, care să includă Malaya, Singapore, Brunei, Borneo de Nord și Sarawak.Un referendum ulterior din Singapore în 1962 a arătat un sprijin puternic pentru fuziune în condiții specifice de autonomie.