În 1965, confruntându-se cu tensiuni în creștere și pentru a preveni noi conflicte, prim-ministrul Malaeziei Tunku Abdul Rahman a propus expulzarea Singapore din Malaezia .Această recomandare a fost aprobată ulterior de Parlamentul Malaeziei la 9 august 1965, cu un vot unanim în favoarea separării Singapore.În aceeași zi, un emoționat Lee Kuan Yew, prim-ministrul Singapore, a anunțat noua independență a orașului-stat.Spre deosebire de credința populară că Singapore a fost expulzat unilateral, documentele recente dezvăluie că discuțiile dintre Partidul Acțiunii Poporului (PAP) din Singapore și Alianța Malaeziei au fost în desfășurare din iulie 1964. Lee Kuan Yew și Goh Keng Swee, un lider senior PAP, au orchestrat separarea într-o manieră care a prezentat-o ​​ca o decizie irevocabilă publicului, urmărind să beneficieze atât din punct de vedere politic, cât și economic.^[16]În urma separării, Singapore a suferit modificări constituționale care au făcut tranziția orașului-stat în Republica Singapore.Yusof Ishak, anterior Yang di-Pertuan Negara sau reprezentant vice-reg, a fost inaugurat ca prim președinte al Singapore.În timp ce dolarul din Malaezia și Borneo britanic au continuat ca monedă legală pentru o scurtă perioadă, discuțiile despre o monedă comună între Singapore și Malaezia au avut loc înainte de eventuala introducere a dolarului din Singapore în 1967. ^[17] În Malaezia, locurile parlamentare dețineau anterior de Singapore au fost realocate în Malaya, ceea ce a modificat echilibrul de putere și influență deținut de statele Sabah și Sarawak.Decizia de a separa Singapore de Malaezia a fost primită cu reacții puternice, în special din partea liderilor din Sabah și Sarawak.Acești lideri și-au exprimat sentimente de trădare și frustrare pentru că nu au fost consultați în timpul procesului de separare. Ministrul șef al Sabah, Fuad Stephens, și-a exprimat durerea profundă într-o scrisoare către Lee Kuan Yew, în timp ce lideri precum Ong Kee Hui de la Partidul Poporului Unit din Sarawak au pus întrebări. chiar rațiunea existenței Malaeziei după separare.În ciuda acestor preocupări, viceprim-ministrul malaezian Abdul Razak Hussein a apărat decizia, atribuind secretul și urgența mișcării confruntării în curs de desfășurare între Indonezia și Malaezia.^[18]