Președinția lui Pervez Musharraf din 1999 până în 2007 a marcat prima dată când forțele liberale au deținut o putere semnificativă în Pakistan.Au fost introduse inițiative pentru liberalizarea economică, privatizare și libertatea presei, Shaukat Aziz, directorul Citibank, a preluat controlul asupra economiei.Guvernul lui Musharraf a acordat amnistia lucrătorilor politici din partidele liberale, lăsând deoparte conservatorii și stângacii.Musharraf a extins semnificativ mass-media privată, urmărind să contracareze influența culturală a Indiei.Curtea Supremă a ordonat alegeri generale până în octombrie 2002, iar Musharraf a aprobat invazia americană a Afganistanului în 2001. Tensiunile cu India asupra Kashmirului au dus la o impas militară în 2002.Referendumul lui Musharraf din 2002, considerat controversat, i-a prelungit mandatul prezidențial.Alegerile generale din 2002 au văzut liberalii și centriștii câștigând majoritatea, formând un guvern cu sprijinul lui Musharraf.Al 17-lea amendament la Constituția Pakistanului a legitimat retroactiv acțiunile lui Musharraf și i-a prelungit președinția.Shaukat Aziz a devenit prim-ministru în 2004, concentrându-se pe creșterea economică, dar confruntându-se cu opoziția pentru reformele sociale.Musharraf și Aziz au supraviețuit mai multor tentative de asasinat legate de al-Qaeda.Pe plan internațional, acuzațiile de proliferare nucleară le-au pătat credibilitatea.Provocările interne au inclus conflicte în zonele tribale și un armistițiu cu talibanii în 2006, deși violența sectantă a persistat.