Noul sultan a stabilit o nouă capitală lângă râul Johor și, de acolo, a continuat să hărțuiască portughezii din nord.El a lucrat constant împreună cu fratele său din Perak și cu sultanul din Pahang pentru a relua Malacca, care până atunci era protejată de fortul A Famosa.În partea de nord a Sumatrei în jurul aceleiași perioade, Sultanatul Aceh începea să câștige o influență substanțială asupra strâmtorii Malacca.Odată cu căderea Malaccai în mâinile creștinilor, comercianții musulmani au sărit adesea Malacca în favoarea Aceh sau, de asemenea, a capitalei Johor, Johor Lama (Kota Batu).Prin urmare, Malacca și Aceh au devenit concurenți direcți.În timp ce portughezii și Johor blocau frecvent claxoanele, Aceh a lansat mai multe raiduri împotriva ambelor părți pentru a-și strânge strânsoarea peste strâmtori.Ascensiunea și expansiunea Aceh i-au încurajat pe portughezi și pe Johor să semneze un armistițiu și să le distragă atenția către Aceh.Armistițiul a fost însă de scurtă durată și, cu Aceh slăbit grav, Johor și portughezii s-au avut din nou în vizor.În timpul domniei sultanului Iskandar Muda, Aceh a atacat Johor în 1613 și din nou în 1615. ^[54]