Ultimul sultan al dinastiei Malaccan, sultanul Mahmud Shah II, era cunoscut pentru comportamentul său neregulat, care a rămas în mare parte necontrolat după moartea lui Bendehara Habib și numirea ulterioară a lui Bendahara Abdul Jalil.Acest comportament a culminat cu sultanul care a ordonat executarea soției însărcinate a unui nobil pentru o infracțiune minoră.Ca răzbunare, sultanul a fost ucis de nobilul vătămat, lăsând tronul vacant în 1699. Orang Kayas, consilieri ai sultanului, s-au îndreptat către Sa Akar DiRaja, Raja Temenggong din Muar, care a sugerat ca Bendahara Abdul Jalil să moștenească tronul.Cu toate acestea, succesiunea a fost întâmpinată cu o oarecare nemulțumire, în special din partea Orang Laut.În această perioadă de instabilitate, două grupuri dominante din Johor - Bugis și Minangkabau - au văzut o oportunitate de a deține puterea.Minangkabau l-a prezentat pe Raja Kecil, un prinț care pretinde că este fiul postum al sultanului Mahmud al II-lea.Cu promisiunea bogăției și puterii, Bugis l-au sprijinit inițial pe Raja Kecil.Cu toate acestea, Raja Kecil i-a trădat și s-a încoronat Sultan de Johor fără consimțământul lor, făcându-l pe anteriorul sultan Abdul Jalil IV să fugă și, în cele din urmă, să fie asasinat.Ca răzbunare, Bugi și-au unit forțele cu Raja Sulaiman, fiul sultanului Abdul Jalil al IV-lea, ducând la detronarea lui Raja Kecil în 1722. În timp ce Raja Sulaiman a urcat ca sultan, el a devenit puternic influențat de Bugi, care, de fapt, au guvernat Johor.Pe tot parcursul domniei sultanului Sulaiman Badrul Alam Shah, la mijlocul secolului al XVIII-lea, Bugișii au exercitat un control semnificativ asupra administrației lui Johor.Influența lor a crescut atât de substanțială încât până în 1760, diferite familii Bugi s-au căsătorit în descendența regală Johor, consolidându-și și mai mult dominația.Sub conducerea lor, Johor a cunoscut o creștere economică, susținută de integrarea comercianților chinezi.Cu toate acestea, până la sfârșitul secolului al XVIII-lea, Engkau Muda din facțiunea Temenggong a început să recupereze puterea, punând bazele prosperității viitoare a sultanatului sub îndrumarea lui Temenggong Abdul Rahman și a descendenților săi.