Spaniolii au împărțit California în două părți, Baja California și Alta California, ca provincii ale Noii Spanie (Mexic).Baja sau California inferioară consta din Peninsula Baja și se termina aproximativ la San Diego, California, unde a început Alta California.Granițele de est și de nord ale Alta California au fost foarte nedefinite, deoarece spaniolii, în ciuda lipsei de prezență fizică și de așezări, pretindeau în esență totul în ceea ce este acum vestul Statelor Unite.Prima misiune permanentă din Baja California, Misión de Nuestra Señora de Loreto Conchó, a fost înființată la 15 octombrie 1697 de către preotul iezuit Juan Maria Salvatierra (1648–1717) însoțit de un echipaj al unei bărci mici și șase soldați.După înființarea Misiunilor în Alta California după 1769, spaniolii au tratat Baja California și Alta California, cunoscute sub numele de Las Californias, ca o unitate administrativă unică, cu Monterey drept capitală și căzând sub jurisdicția Viceregnatului Noii Spanie cu sediul în Mexic. Oraș.Aproape toate misiunile din Baja California au fost înființate de membri ai ordinului iezuit sprijiniți de câțiva soldați.După o dispută de putere între Carol al III-lea al Spaniei și iezuiți, colegiile iezuiților au fost închise, iar iezuiții au fost expulzați din Mexic și America de Sud în 1767 și deportați înapoi în Spania.După expulzarea forțată a ordinului iezuit, majoritatea misiunilor au fost preluate de călugări franciscani și mai târziu dominicani.Ambele grupuri erau sub control mult mai direct asupra monarhiei spaniole.Această reorganizare a lăsat multe misiuni abandonate în Sonora Mexic și Baja California.Preocupările legate de intruziunile comercianților britanici și ruși în coloniile Spaniei din California au determinat extinderea misiunilor franciscane în Alta California, precum și a presidios.