La prima lumină pe 20 iunie, armata Taira a mărșăluit în liniște până la Byodo-in, ascunsă de ceața deasă.Minamoto au auzit brusc strigătul de război Taira și au răspuns cu al lor.A urmat o bătălie aprigă, în care călugării și samuraii trăgeau săgeți prin ceață unul asupra celuilalt.Soldații aliaților lui Taira, Ashikaga, au trecut cu vade pe râu și au apăsat atacul.Prințul Mochihito a încercat să evadeze în Nara în haos, dar Taira l-a ajuns din urmă și l-a executat.Călugării Nara care mărșăluiau spre Byodo-in au auzit că sunt prea târziu pentru a-i ajuta pe Minamoto și s-au întors.Minamoto Yorimasa, între timp, a comis primul seppuku clasic din istorie, scriind o poezie de moarte pe evantaiul său de război și apoi și-a deschis propriul abdomen.Prima bătălie de la Uji este faimoasă și importantă pentru că a deschis Războiul Genpei.