A administração Kennedy continuou buscando maneiras de derrubar Castro após a invasão da Baía dos Porcos, experimentando várias maneiras de facilitar secretamente a derrubada do governo cubano.Esperanças significativas foram depositadas no programa de ataques terroristas e outras operações de desestabilização conhecidas como Operação Mongoose, concebidas sob a administração Kennedy em 1961. Khrushchev soube do projeto em fevereiro de 1962, e os preparativos para instalar mísseis nucleares soviéticos em Cuba foram realizados em resposta.Alarmado, Kennedy considerou várias reações.Ele finalmente respondeu à instalação de mísseis nucleares em Cuba com um bloqueio naval e apresentou um ultimato à União Soviética .Khrushchev recuou de um confronto, e a União Soviética removeu os mísseis em troca de uma promessa pública americana de não invadir Cuba novamente, bem como um acordo secreto para remover os mísseis americanos da Turquia.Castro admitiu mais tarde que "eu teria concordado com o uso de armas nucleares. ... tínhamos como certo que se tornaria uma guerra nuclear de qualquer maneira e que íamos desaparecer."A Crise dos Mísseis de Cuba (outubro-novembro de 1962) aproximou o mundo de uma guerra nuclear como nunca antes.O rescaldo da crise levou aos primeiros esforços na corrida armamentista nuclear para o desarmamento nuclear e a melhoria das relações, embora o primeiro acordo de controle de armas da Guerra Fria, o Tratado da Antártica, tenha entrado em vigor em 1961.Em 1964, os colegas de Khrushchev no Kremlin conseguiram derrubá-lo, mas permitiram-lhe uma aposentadoria pacífica.Acusado de grosseria e incompetência, John Lewis Gaddis argumenta que Khrushchev também foi creditado por arruinar a agricultura soviética, levando o mundo à beira de uma guerra nuclear e que Khrushchev se tornou um 'embaraço internacional' quando autorizou a construção do Muro de Berlim.