W XVI wieku protestanckie ruchy reformacyjne głęboko wkroczyły w polskie chrześcijaństwo, a wynikająca z tego reformacja w Polsce obejmowała wiele różnych wyznań.Polityka tolerancji religijnej, która rozwinęła się w Polsce, była niemal ewenementem w ówczesnej Europie, a wielu, którzy uciekli z regionów targanych konfliktami religijnymi, znalazło schronienie w Polsce.Panowanie Zygmunta I Starego (1506-1548) i Zygmunta II Augusta (1548-1572) to okres intensywnego kultywowania kultury i nauki (złoty wiek renesansu w Polsce), którego astronom Mikołaj Kopernik (1473 r. –1543) jest najbardziej znanym przedstawicielem.Jan Kochanowski (1530-1584) był poetą i czołową osobowością artystyczną tego okresu.W 1525 r., za panowania Zygmunta I, zakon krzyżacki został zsekularyzowany, a książę Albert złożył przed królem polskim akt hołdu (hołd pruski) za swoje lenno, Prusy Książęce.Mazowsze zostało ostatecznie w pełni włączone do Korony Polskiej w 1529 roku.Panowanie Zygmunta II zakończyło okres jagielloński, ale dało początek unii lubelskiej (1569), ostatecznemu dopełnieniu unii z Litwą.Umowa ta przeniosła Ukrainę z Wielkiego Księstwa Litewskiego do Polski i przekształciła ustrój polsko-litewski w prawdziwą unię, zachowując ją po śmierci bezdzietnego Zygmunta II, którego aktywne zaangażowanie umożliwiło zakończenie tego procesu.Inflanty na dalekim północnym wschodzie zostały włączone do Polski w 1561 roku, a Polska przystąpiła do wojny inflanckiej przeciwko caratowi rosyjskiemu .Ruch egzekucyjny, który próbował zahamować postępującą dominację w państwie rodów magnackich Polski i Litwy, osiągnął apogeum na sejmie piotrkowskim w latach 1562–63.Na froncie religijnym bracia polscy oddzielili się od kalwinistów, a protestancka Biblia Brzeska została opublikowana w 1563 r. Jezuici, którzy przybyli w 1564 r., mieli wywrzeć ogromny wpływ na historię Polski.