Kiedy Histiajos usłyszał o upadku Miletu, najwyraźniej mianował się przywódcą ruchu oporu przeciwko Persji .Wyruszając z Bizancjum ze swoimi siłami lesbijek, popłynął do Chios.Chianie odmówili go przyjęcia, więc zaatakował i zniszczył pozostałości floty Chian.Okaleczeni dwiema porażkami na morzu Chianie zgodzili się następnie na przywództwo Histiaeusa.Histiajos zebrał teraz duże siły Jończyków i Eolów i wyruszył, aby oblegać Thasos.Jednak potem otrzymał wiadomość, że flota perska wyrusza z Miletu, aby zaatakować resztę Jonii, więc szybko wrócił na Lesbos.Aby wyżywić swoją armię, prowadził wyprawy zbierackie na kontynent w pobliżu Atarneus i Myus.W okolicy znajdowały się duże siły perskie pod dowództwem Harpagusa, które ostatecznie przechwyciły jedną wyprawę żerującą w pobliżu Malene.Bitwa, która nastąpiła, była zacięta, ale zakończyła się udaną szarżą kawalerii perskiej, która rozgromiła linię grecką.Sam Histiajos poddał się Persom, sądząc, że uda mu się wynegocjować ułaskawienie od Dariusza.Jednak zamiast tego zabrano go do Artaphernesa, który, w pełni świadomy przeszłej zdrady Histiaeusa, wbił go na pal, a następnie wysłał jego zabalsamowaną głowę Dariuszowi.Perska flota i armia spędziły zimę w Milecie, zanim w 493 roku p.n.e. wyruszyły, aby ostatecznie zdusić resztki buntu.Zaatakowali i zdobyli wyspy Chios, Lesbos i Tenedos.Na każdym z nich utworzyli „sieć ludzi” z żołnierzy i przeszli przez całą wyspę, aby wypłoszyć ukrywających się rebeliantów.Następnie przenieśli się na kontynent i zdobyli każde z pozostałych miast Ionii, w podobny sposób wyszukując pozostałych rebeliantów.Chociaż miasta Ionii niewątpliwie doświadczyły w następstwie tego wstrząsu, wydaje się, że żadne z nich nie spotkało takiego losu jak Milet.Herodot mówi, że Persowie wybrali z każdego miasta najprzystojniejszych chłopców i wykastrowali ich, a wybrali najpiękniejsze dziewczęta i wysłali je do haremu królewskiego, a następnie spalili świątynie w miastach.Choć jest to prawdopodobnie prawdą, Herodot również prawdopodobnie wyolbrzymia skalę zniszczeń. W ciągu kilku lat miasta mniej więcej wróciły do ​​normalności i były w stanie wyposażyć dużą flotę na drugą perską inwazję na Grecję, zaledwie 13 lata później.Następnie armia perska ponownie podbiła osady po azjatyckiej stronie Propontydy, podczas gdy flota perska popłynęła w górę europejskiego wybrzeża Hellespontu, zdobywając po kolei każdą osadę.Kiedy cała Azja Mniejsza powróciła teraz pod panowanie perskie, bunt wreszcie się skończył.