Lee, pomimo przewagi liczebnej w stosunku ponad dwa do jednego, odniósł prawdopodobnie swoje największe zwycięstwo w wojnie, czasami określane jako „idealna bitwa”.^[25] Ale zapłacił za to straszliwą cenę, ponosząc więcej ofiar niż przegrał w jakiejkolwiek poprzedniej bitwie, w tym w klęsce Konfederatów w bitwie pod Antietam .Mając tylko 60 000 zaangażowanych ludzi, poniósł 13 303 ofiar (1665 zabitych, 9081 rannych, 2018 zaginionych), ^[34] tracąc około 22% swoich sił w kampanii - ludzi, których Konfederacja ze swoją ograniczoną siłą roboczą nie mogła zastąpić.Równie poważnie stracił swojego najbardziej agresywnego dowódcę polowego, Stonewalla Jacksona.Bryg.Gen. Elisha F. Paxton był drugim generałem Konfederacji zabitym podczas bitwy.Po tym, jak Longstreet ponownie dołączył do głównej armii, był bardzo krytyczny wobec strategii Lee, mówiąc, że bitwy takie jak Chancellorsville kosztują Konfederację więcej ludzi, niż mogła sobie pozwolić na przegraną.^[26]Hooker, który rozpoczął kampanię, wierząc, że ma „80 szans na 100, aby odnieść sukces”, przegrał bitwę z powodu nieporozumień, niekompetencji niektórych z jego czołowych generałów (przede wszystkim Howarda i Stonemana, ale także Sedgwicka), ale głównie przez upadek własnej pewności siebie.Błędy Hookera obejmowały rezygnację z ataku ofensywnego 1 maja i nakazanie Sicklesowi oddania Hazel Grove i wycofanie się 2 maja. Popełnił również błąd w rozmieszczeniu sił;pomimo wezwania Abrahama Lincolna, „tym razem postaw wszystkich swoich ludzi”, około 40 000 żołnierzy Armii Potomaku prawie nie oddało strzału.Unia była wstrząśnięta porażką.Cytowano, że prezydent Abraham Lincoln powiedział: „Mój Boże! Mój Boże! Co powie kraj?”Kilku generałów było ofiarami kariery.Prezydent Lincoln zdecydował się zatrzymać Hookera jako dowódcę armii, ale tarcia między Lincolnem, naczelnym generałem Henry'm W. Halleckiem, a Hookerem stały się nie do zniesienia na początku tego, co stało się znane jako kampania gettysburska, a Lincoln zwolnił Hookera z dowództwa na 28 czerwca, tuż przed bitwą pod Gettysburgiem .Społeczeństwo Konfederacji miało mieszane uczucia co do wyniku, radość z taktycznego zwycięstwa Lee złagodzona utratą ich najbardziej ukochanego generała, Stonewalla Jacksona.Śmierć Jacksona spowodowała, że ​​Lee dokonał od dawna potrzebnej reorganizacji Armii Północnej Wirginii z dwóch dużych korpusów do trzech, pod dowództwem Jamesa Longstreeta, Richarda S. Ewella i AP Hilla.Nowe przydziały dla dwóch ostatnich generałów spowodowały pewne trudności dowodzenia w nadchodzącej kampanii gettysburskiej, która rozpoczęła się w czerwcu.Jednak większe znaczenie dla Gettysburga miała najwyższa pewność, jaką Lee zyskał po swoim wielkim zwycięstwie pod Chancellorsville, że jego armia była praktycznie niezwyciężona i odniesie sukces we wszystkim, o co ją poprosi.^[27]