The First Fitna, en stor tidlig islamsk borgerkrig, førte til betydelige endringer i Egypts styresett.I løpet av denne perioden utnevnte kalif Ali Muhammad ibn Abi Bakr til Egypts guvernør.Imidlertid beseiret Amr ibn al-As, som støttet Umayyadene , Ibn Abi Bakr i 658 og styrte Egypt til sin død i 664. Under Umayyadene fortsatte pro-umayyad-partisaner som Maslama ibn Mukhallad al-Ansari å regjere Egypt til den andre Fitna .Under denne konflikten ble det Kharijite-støttede Zubayrid-regimet, upopulært blant lokale arabere, etablert.Umayyad-kalifen Marwan I invaderte Egypt i 684, gjeninnførte Umayyad-kontrollen og utnevnte sønnen Abd al-Aziz til guvernør, som regjerte effektivt som visekonge i 20 år.^[82]Under Umayyadene implementerte guvernører som Abd al-Malik ibn Rifa'a al-Fahmi og Ayyub ibn Sharhabil, valgt fra den lokale militæreliten (jund), politikk som økte presset på kopterne og satte i gang islamisering.^[83] Dette førte til flere koptiske opprør på grunn av økt beskatning, den mest bemerkelsesverdige var i 725. Arabisk ble det offisielle regjeringsspråket i 706, og bidro til dannelsen av egyptisk arabisk.Umayyad-perioden endte med ytterligere opprør i 739 og 750.I løpet av den abbasidiske perioden opplevde Egypt nye skatter og ytterligere koptiske opprør.Kalif al-Mu'tasims beslutning i 834 om å sentralisere makt og finansiell kontroll førte til betydelige endringer, inkludert utskifting av lokale arabiske tropper med tyrkiske soldater.På 900-tallet overgikk den muslimske befolkningen de koptiske kristne , med arabiserings- og islamiseringsprosesser som intensiverte."Anarkiet ved Samarra" i det abbasidiske kjernelandet lettet fremveksten av Alids revolusjonære bevegelser i Egypt.^[84]Tulunid-perioden begynte i 868 da Ahmad ibn Tulun ble utnevnt til guvernør, og markerte et skifte mot Egypts politiske uavhengighet.Til tross for interne maktkamper, etablerte Ibn Tulun et de facto uavhengig styre, akkumulerte betydelig rikdom og utvidet innflytelse inn i Levanten.Hans etterfølgere møtte imidlertid interne stridigheter og eksterne trusler, noe som førte til den abbasidiske gjenerobringen av Egypt i 905. ^[85]Post-Tulunid Egypt så fortsatte konflikter og fremveksten av innflytelsesrike skikkelser som den tyrkiske sjefen Muhammad ibn Tughj al-Ikhshid.Hans død i 946 førte til den fredelige arven etter sønnen Unujur og det påfølgende styret av Kafur.Imidlertid avsluttet Fatimid-erobringen i 969 denne perioden, og innledet en ny æra av egyptisk historie.^[86]