Op 14 mei ontmoette een trein in oostelijke richting met Legioen-troepen in Tsjeljabinsk een trein in westelijke richting met Hongaren, die loyaal waren aan Oostenrijk-Hongarije en de Centrale Mogendheden en die de Legioen-troepen als verraders beschouwden.Een gewapend conflict volgde van dichtbij, aangewakkerd door de rivaliserende nationalismen.Het Legioen versloeg de Hongaarse loyalisten.Als reactie hierop kwamen lokale bolsjewieken tussenbeide en arresteerden enkele legioentroepen.Het legioen viel vervolgens de bolsjewieken aan, bestormde het treinstation, bevrijdde hun mannen en nam effectief de stad Chelyabinsk over terwijl het de bolsjewistische spoorverbinding naar Siberië afsneed.Dit incident werd uiteindelijk vreedzaam opgelost, maar het werd door het bolsjewistische regime gebruikt om de ontwapening van het legioen te bevelen, aangezien de episode Jekaterinburg, 220 kilometer verderop, had bedreigd en leidde tot bredere vijandelijkheden in heel Siberië, waarin de bolsjewieken gestaag de controle over de spoorlijn verloren en de regio: het Legioen bezette snel meer steden aan de Trans-Siberische spoorlijn, waaronder Petropavl, Kurgan, Novonikolaevsk, Mariinsk, Nizhneudinsk en Kansk.Hoewel het Legioen niet specifiek probeerde tussenbeide te komen aan de anti-bolsjewistische kant in de Russische Burgeroorlog en alleen probeerde een veilige uittocht uit Rusland veilig te stellen, stelde de bolsjewistische nederlaag in Siberië anti-bolsjewistische of Wit-Russische officiersorganisaties in staat om het voordeel te grijpen, omverwerpen Bolsjewieken in Petropavl en Omsk.In juni veroverde het Legioen, dat informeel de kant van de bolsjewieken had gekozen voor bescherming en gemak, Samara, waardoor de eerste anti-bolsjewistische lokale regering in Siberië, de Komuch, op 8 juni werd gevormd.Op 13 juni vormden de blanken de voorlopige Siberische regering in Omsk.Op 3 augustus landden
Japanse ,
Britse ,
Franse en
Amerikaanse troepen in Vladivostok.De Japanners stuurden ongeveer 70.000 naar het land ten oosten van het Baikalmeer.Maar tegen de herfst van 1918 speelde het legioen niet langer een actieve rol in de Russische burgeroorlog.Na de staatsgreep tegen de voorlopige Al-Russische regering en de installatie van de militaire dictatuur van Alexander Kolchak, werden de Tsjechen van het front teruggetrokken en kregen ze de taak toegewezen om de Trans-Siberische spoorlijn te bewaken.In de herfst deed het Rode Leger een tegenaanval en versloeg de blanken in West-Siberië.In oktober werd Tsjechoslowakije opnieuw onafhankelijk verklaard.In november stortte Oostenrijk-Hongarije in en eindigde
de Eerste Wereldoorlog , waardoor de wens van Legion-leden om Rusland te verlaten toenam, vooral omdat het nieuwe Tsjechoslowakije te maken kreeg met tegenstand van en gewapend conflict met zijn buren.Begin 1919 begonnen de troepen van het Legioen zich terug te trekken naar de Trans-Siberische spoorlijn.Op 27 januari 1919 claimde de commandant van het legioen, Jan Syrový, de Trans-Siberische spoorlijn tussen Novonikolaevsk en Irkoetsk als een Tsjechoslowaakse operatiezone, waardoor de Wit-Russische inspanningen in Siberië werden verstoord.Begin 1920 stemde Syrový in Irkoetsk, in ruil voor een veilige doorvoer naar het oosten voor Tsjechoslowaakse treinen, ermee in Aleksandr Kolchak over te dragen aan de vertegenwoordigers van het Rode Politieke Centrum, die Kolchak in februari executeerden.Hierdoor, en ook vanwege een poging tot opstand tegen de blanken, georganiseerd door Radola Gajda in Vladivostok op 17 november 1919, beschuldigden de blanken de Tsjechoslowaken machteloos van verraad.Tussen december 1919 en september 1920 evacueerde het Legioen over zee vanuit Vladivostok.