De burgeroorlog tussen de Lê-Trịnh- en Mạc-dynastieën eindigde in 1592, toen het leger van Trịnh Tùng Hanoi veroverde en koning Mạc Mậu Hợp executeerde.Overlevenden van de koninklijke familie Mạc vluchtten naar de noordelijke bergen in de provincie Cao Bằng en bleven daar regeren tot 1677 toen Trịnh Tạc dit laatste Mạc-gebied veroverde.De Lê-vorsten fungeerden sinds de restauratie van Nguyễn Kim alleen als boegbeelden.Na de val van de Mạc-dynastie behoorde alle echte macht in het noorden toe aan de Trịnh-heren.Ondertussen besloot de Ming-rechtbank met tegenzin tot een militaire interventie in de Vietnamese burgeroorlog, maar Mạc Đăng Dung bood rituele onderwerping aan het Ming-rijk aan, wat werd aanvaard.In het jaar 1600 riep Nguyễn Hoàng zichzelf ook uit tot Heer (officieel "Vương") en weigerde meer geld of soldaten te sturen om de Trịnh te helpen.Hij verplaatste ook zijn hoofdstad naar Phú Xuân, het huidige Huế.Trịnh Tráng volgde Trịnh Tùng, zijn vader, op na zijn dood in 1623. Tráng gaf Nguyễn Phúc Nguyên de opdracht zich aan zijn gezag te onderwerpen.De bestelling werd tweemaal geweigerd.In 1627 stuurde Trịnh Tráng 150.000 troepen zuidwaarts in een mislukte militaire campagne.De Trịnh waren veel sterker, met een grotere bevolking, economie en leger, maar ze waren niet in staat de Nguyễn te verslaan, die twee stenen verdedigingsmuren had gebouwd en in Portugese artillerie had geïnvesteerd.De Trịnh-Nguyễn-oorlog duurde van 1627 tot 1672. Het Trịnh-leger voerde minstens zeven offensieven uit, die er allemaal niet in slaagden Phú Xuân te veroveren.Vanaf 1651 gingen de Nguyễn een tijdlang zelf in de aanval en vielen delen van het grondgebied van Trịnh aan.De Trịnh, onder een nieuwe leider, Trịnh Tạc, dwongen de Nguyễn echter in 1655 terug. Na een laatste offensief in 1672 stemde Trịnh Tạc in met een wapenstilstand met de Nguyễn-heer Nguyễn Phúc Tần.Het land werd feitelijk in tweeën gedeeld.De Trịnh-Nguyễn-oorlog gaf Europese handelaren de kansen om elke partij te steunen met wapens en technologie: de Portugezen hielpen de Nguyễn in het zuiden, terwijl de Nederlanders de Trịnh in het noorden hielpen.De Trịnh en de Nguyễn handhaafden de daaropvolgende honderd jaar een relatieve vrede, waarin beide partijen belangrijke prestaties boekten.De Trịnh creëerden gecentraliseerde overheidskantoren die verantwoordelijk waren voor de staatsbegroting en de productie van valuta, verenigden de gewichtseenheden in een decimaal systeem, richtten drukkerijen op om de noodzaak om gedrukt materiaal uit China te importeren te verminderen, openden een militaire academie en stelden geschiedenisboeken samen.Ondertussen zetten de heren van Nguyễn de zuidelijke expansie voort door de verovering van het resterende Cham-land.Việt-kolonisten arriveerden ook in het dunbevolkte gebied dat bekend staat als "Water Chenla", het lagere deel van de Mekongdelta van het voormalige Khmer-rijk .Tussen het midden van de 17e eeuw en het midden van de 18e eeuw, toen het voormalige Khmer-rijk verzwakt werd door interne conflicten en Siamese invasies, gebruikten de Nguyễn Lords verschillende middelen, politieke huwelijken, diplomatieke druk, politieke en militaire gunsten, om het gebied rond het huidige grondgebied te veroveren. -dag Saigon en de Mekong Delta.Het Nguyễn-leger kwam soms ook in botsing met het Siamese leger om invloed te vestigen op het voormalige Khmer-rijk.