David Marshall werd de eerste Chief Minister van Singapore en leidde een onstabiele regering die te maken kreeg met sociale onrust, zoals blijkt uit gebeurtenissen als de busrellen in Hock Lee.In 1956 leidde hij in Londen de onderhandelingen over volledig zelfbestuur, maar de gesprekken mislukten vanwege Britse veiligheidsproblemen, wat leidde tot zijn ontslag.Zijn opvolger, Lim Yew Hock, nam een ​​harde houding aan tegen communistische en linkse groeperingen en maakte de weg vrij voor de Britten om Singapore in 1958 volledig intern zelfbestuur te verlenen.Bij de verkiezingen van 1959 kwam de People's Action Party (PAP), geleid door Lee Kuan Yew, als overwinnaar uit de bus en werd Lee de eerste premier van Singapore.Zijn regering kreeg aanvankelijk te maken met scepsis vanwege de pro-communistische factie van de partij, wat leidde tot bedrijfsverhuizingen naar Kuala Lumpur.Onder leiding van Lee zag Singapore echter economische groei, onderwijshervormingen en een agressief volkshuisvestingsprogramma.Ook nam de regering maatregelen om de arbeidsonrust te beteugelen en de Engelse taal te bevorderen.Ondanks deze prestaties geloofden de PAP-leiders dat de toekomst van Singapore lag in een fusie met Malaya .Het idee was beladen met uitdagingen, met name tegenstand van pro-communisten binnen de PAP en zorgen van Malaya's United Malays National Organization over het evenwicht tussen de raciale macht.Het vooruitzicht van een communistische overname in Singapore veranderde echter de gevoelens ten gunste van de fusie.In 1961 stelde de premier van Maleisië, Tunku Abdul Rahman, een Federatie van Maleisië voor, die Malaya, Singapore, Brunei, Noord-Borneo en Sarawak zou omvatten.Een daaropvolgend referendum in Singapore in 1962 toonde sterke steun voor de fusie onder specifieke voorwaarden van autonomie.