De Grieken hielden stand in de Peloponnesos tot 1460, en de Venetianen en Genuezen hielden zich vast aan enkele van de eilanden, maar tegen het begin van de 16e eeuw waren het hele vasteland van Griekenland en de meeste eilanden in de Egeïsche Zee gekoloniseerd door het Ottomaanse Rijk , met uitzondering van enkele havensteden die nog steeds bestaan. in handen van de Venetianen (Nafplio, Monemvasia, Parga en Methone zijn de belangrijkste).De Cycladen, midden in de Egeïsche Zee, werden in 1579 officieel door de Ottomanen geannexeerd, hoewel ze sinds de jaren 1530 onder vazalstatus stonden.Cyprus viel in 1571 en de Venetianen behielden Kreta tot 1669. De Ionische eilanden werden nooit geregeerd door de Ottomanen, met uitzondering van Kefalonia (van 1479 tot 1481 en van 1485 tot 1500), en bleven onder de heerschappij van de Republiek Venetië. .Het was op de Ionische eilanden waar de moderne Griekse staat werd geboren, met de oprichting van de Republiek der Zeven Eilanden in 1800.Ottomaans Griekenland was een multi-etnische samenleving.Hoewel het moderne westerse idee van multiculturalisme op het eerste gezicht lijkt overeen te komen met het systeem van millets, wordt het echter als onverenigbaar met het Ottomaanse systeem beschouwd.Aan de ene kant kregen de Grieken enkele privileges en vrijheid;met de andere werden ze blootgesteld aan een tirannie die voortkwam uit de wanpraktijken van het administratieve personeel waarover de centrale regering slechts een afstandelijke en onvolledige controle had.Toen de Ottomanen arriveerden, vonden er twee Griekse migraties plaats.De eerste migratie hield in dat de Griekse intelligentsia naar West-Europa migreerde en de komst van de Renaissance beïnvloedde.De tweede migratie hield in dat Grieken de vlakten van het Griekse schiereiland verlieten en zich in de bergen vestigden.Het gierstsysteem droeg bij aan de etnische cohesie van de orthodoxe Grieken door de verschillende volkeren binnen het Ottomaanse Rijk te scheiden op basis van religie.De Grieken die tijdens de Ottomaanse overheersing in de vlakten woonden, waren ofwel christenen die te maken kregen met de lasten van buitenlandse overheersing, ofwel crypto-christenen (Griekse moslims die in het geheim het Grieks-orthodoxe geloof beoefenden).Sommige Grieken werden crypto-christenen om zware belastingen te vermijden en tegelijkertijd hun identiteit uit te drukken door hun banden met de Grieks-orthodoxe kerk te behouden.Grieken die zich echter tot de islam bekeerden en geen crypto-christenen waren, werden in de ogen van de orthodoxe Grieken als ‘Turken’ (moslims) beschouwd, zelfs als ze de Turkse taal niet adopteerden.De Ottomanen regeerden tot het begin van de 19e eeuw over het grootste deel van Griekenland.De eerste Griekse staat sinds de middeleeuwen werd gesticht tijdens de Franse Revolutionaire Oorlogen, in 1800, 21 jaar vóór het uitbreken van de Griekse revolutie op het vasteland van Griekenland.Het was de Septinsulaire Republiek met Corfu als hoofdstad.