Op het door de coalitie bezette Iraakse grondgebied werd een vredesconferentie gehouden waar een wapenstilstandsovereenkomst werd onderhandeld en door beide partijen werd ondertekend. Op de conferentie kreeg Irak toestemming om bewapende helikopters aan hun kant van de tijdelijke grens te laten vliegen, zogenaamd voor overheidstransit vanwege de schade aan de civiele infrastructuur. Kort daarna werden deze helikopters en een groot deel van het Iraakse leger gebruikt om een opstand in het zuiden te bestrijden. Op 1 maart 1991, een dag na het staakt-het-vuren in de Golfoorlog, brak in Basra een opstand uit tegen de Iraakse regering. De opstand verspreidde zich binnen enkele dagen naar alle grootste sjiitische steden in Zuid-Irak: Najaf, Amarah, Diwaniya, Hilla, Karbala, Kut, Nasiriyah en Samawah. De opstanden werden aangemoedigd door de uitzending van "The Voice of Free Iraq" op 2 februari 1991, die werd uitgezonden vanaf een door de CIA gerund radiostation vanuit Saoedi-Arabië . De Arabische dienst van de Voice of America steunde de opstand door te stellen dat de opstand goed werd gesteund en dat ze spoedig van Saddam zouden worden bevrijd.
In het Noorden namen de Koerdische leiders de Amerikaanse verklaringen dat zij een opstand zouden steunen ter harte, en begonnen te vechten, in de hoop een staatsgreep te ontketenen. Toen er echter geen Amerikaanse steun kwam, bleven de Iraakse generaals Saddam trouw en sloegen ze de Koerdische opstand en de opstand in het zuiden op brute wijze neer. Miljoenen Koerden vluchtten over de bergen naar Turkije en Koerdische gebieden in Iran. Op 5 april kondigde de Iraakse regering "de volledige onderdrukking van daden van opruiing, sabotage en rellen in alle steden van Irak" aan. Bij de opstanden kwamen naar schatting 25.000 tot 100.000 Irakezen om het leven. Deze gebeurtenissen resulteerden later in de instelling van no-flyzones in Noord- en Zuid-Irak.
In Koeweit werd de emir hersteld en werden vermoedelijke Iraakse collaborateurs onderdrukt. Uiteindelijk werden ruim 400.000 mensen het land uitgezet, waaronder een groot aantal Palestijnen, vanwege de steun van de PLO aan Saddam. Yasser Arafat verontschuldigde zich niet voor zijn steun aan Irak, maar na zijn dood bood Mahmoud Abbas in 2004 formeel zijn excuses aan namens de PLO. Dit kwam nadat de Koeweitse regering de groep formeel had vergeven.
Er was enige kritiek op de regering-Bush, omdat zij ervoor kozen Saddam aan de macht te laten blijven in plaats van door te gaan met het veroveren van Bagdad en het omverwerpen van zijn regering. In hun gezamenlijk geschreven boek uit 1998, A World Transformed, betoogden Bush en Brent Scowcroft dat een dergelijke koers de alliantie zou hebben gebroken, en dat er veel onnodige politieke en menselijke kosten aan verbonden zouden zijn geweest.