Toen Histiaeus hoorde van de val van Milete, lijkt hij zichzelf te hebben aangesteld als leider van het verzet tegen Perzië .Hij vertrok vanuit Byzantium met zijn leger Lesbiennes en zeilde naar Chios.De Chians weigerden hem te ontvangen, dus viel hij de overblijfselen van de Chiaanse vloot aan en vernietigde deze.Verlamd door de twee nederlagen op zee, berustten de Chians vervolgens in het leiderschap van Histiaeus.Histiaeus verzamelde nu een grote strijdmacht van Ioniërs en Aeoliërs en ging Thasos belegeren.Toen hij echter het nieuws ontving dat de Perzische vloot vanuit Miletus vertrok om de rest van Ionië aan te vallen, keerde hij snel terug naar Lesbos.Om zijn leger te voeden leidde hij foerageerexpedities naar het vasteland bij Atarneus en Myus.Een grote Perzische strijdmacht onder leiding van Harpagus was in het gebied en onderschepte uiteindelijk een foerageerexpeditie nabij Malene.De daaropvolgende strijd was zwaar bevochten, maar werd beëindigd door een succesvolle aanval van de Perzische cavalerie, die de Griekse linie op de vlucht joeg.Histiaeus zelf gaf zich over aan de Perzen, in de veronderstelling dat hij zichzelf gratie van Darius zou kunnen ompraten.Hij werd echter naar Artaphernes gebracht, die, zich volledig bewust van het verraad van Histiaeus uit het verleden, hem aan een paal spietste en vervolgens zijn gebalsemde hoofd naar Darius stuurde.De Perzische vloot en het leger overwinterden in Miletus, voordat ze in 493 vGT vertrokken om eindelijk de laatste resten van de opstand uit te roeien.Ze vielen de eilanden Chios, Lesbos en Tenedos aan en veroverden deze.Op elk van hen vormden ze een 'menselijk net' van troepen en trokken het hele eiland over om eventuele verborgen rebellen weg te spoelen.Vervolgens trokken ze naar het vasteland en veroverden elk van de overgebleven steden van Ionië, op dezelfde manier op zoek naar eventuele overgebleven rebellen.Hoewel de steden van Ionië in de nasleep ongetwijfeld werden getroffen, lijkt geen enkele stad het lot van Milete te hebben ondergaan.Herodotus zegt dat de Perzen uit elke stad de knapste jongens kozen en hen castreerden, en de mooiste meisjes kozen en ze naar de harem van de koning stuurden, en vervolgens de tempels van de steden verbrandden.Hoewel dit mogelijk waar is, overdrijft Herodotus waarschijnlijk ook de omvang van de verwoestingen. Binnen een paar jaar waren de steden min of meer weer normaal geworden en waren ze in staat een grote vloot uit te rusten voor de tweede Perzische invasie van Griekenland, slechts 13 jaar geleden. jaren later.Het Perzische leger heroverde vervolgens de nederzettingen aan de Aziatische kant van de Propontis, terwijl de Perzische vloot de Europese kust van de Hellespont opvoer en elke nederzetting beurtelings innam.Nu heel Klein-Azië stevig onder de Perzische heerschappij was teruggekeerd, was de opstand eindelijk voorbij.