Met de nederlaag van de Ionische vloot in de Slag bij Lade was de opstand feitelijk voorbij.Milete was nauw betrokken, de Perzen "mijnden de muren en gebruikten elk apparaat ertegen, totdat ze het volledig veroverden".Volgens Herodotus werden de meeste mannen gedood en werden de vrouwen en kinderen tot slaaf gemaakt.Archeologisch bewijs ondersteunt dit gedeeltelijk en vertoont wijdverbreide tekenen van vernietiging en het verlaten van een groot deel van de stad in de nasleep van Lade.Sommige Milesiërs bleven echter in Milete (of keerden er snel naar terug), hoewel de stad haar vroegere grootsheid nooit zou heroveren.Miletus werd dus fictief "zonder Milesiërs gelaten";de Perzen namen de stad en het kustland voor zichzelf in, en gaven de rest van het Milesische grondgebied aan de Cariërs van Pedasus.De gevangengenomen Milesiërs werden voor Darius in Susa gebracht, die hen vestigde in "Ampé" aan de kust van de Perzische Golf, vlakbij de monding van de Tigris.Veel Samiërs waren geschokt door de acties van hun generaals in Lade en besloten te emigreren voordat hun oude tiran, Aeaces van Samos, terugkeerde om hen te regeren.Ze accepteerden een uitnodiging van de bevolking van Zancle om zich aan de kust van Sicilië te vestigen, en namen de Milesiërs mee die erin waren geslaagd aan de Perzen te ontsnappen.Samos zelf werd gespaard van vernietiging door de Perzen vanwege de Samische afvalligheid bij Lade.Het grootste deel van Carië gaf zich nu over aan de Perzen, hoewel sommige bolwerken met geweld moesten worden veroverd.