Fitna Pertama, perang saudara Islam awal yang besar, membawa kepada perubahan ketara dalam tadbir urus Mesir.Dalam tempoh ini, Khalifah Ali melantik Muhammad ibn Abi Bakr sebagai gabenor Mesir.Walau bagaimanapun, Amr ibn al-As, menyokong Bani Umayyah , mengalahkan Ibn Abi Bakr pada tahun 658 dan mentadbir Mesir sehingga kematiannya pada tahun 664. Di bawah Bani Umayyah, partisan pro-Umayyah seperti Maslama ibn Mukhallad al-Ansari terus mentadbir Mesir sehingga Fitna Kedua. .Semasa konflik ini, rejim Zubayrid yang disokong Khawarij, yang tidak popular di kalangan orang Arab tempatan, telah ditubuhkan.Khalifah Umayyah Marwan I menyerang Mesir pada tahun 684, mengembalikan kekuasaan Umayyah dan melantik anaknya, Abd al-Aziz, sebagai gabenor, yang memerintah secara efektif sebagai raja muda selama 20 tahun.^[82]Di bawah Umayyah, gabenor seperti Abd al-Malik ibn Rifa'a al-Fahmi dan Ayyub ibn Sharhabil, dipilih daripada elit tentera tempatan (jund), melaksanakan dasar yang meningkatkan tekanan ke atas Copts dan memulakan Islamisasi.^[83] Ini membawa kepada beberapa pemberontakan Koptik akibat cukai yang tinggi, yang paling ketara ialah pada 725. Bahasa Arab menjadi bahasa rasmi kerajaan pada 706, menyumbang kepada pembentukan bahasa Arab Mesir.Zaman Umayyah berakhir dengan pemberontakan lebih lanjut pada tahun 739 dan 750.Semasa zaman Abbasiyah , Mesir mengalami percukaian baru dan pemberontakan Koptik selanjutnya.Keputusan Khalifah al-Mu'tasim pada 834 untuk memusatkan kuasa dan kawalan kewangan membawa kepada perubahan ketara, termasuk penggantian tentera Arab tempatan dengan tentera Turki.Abad ke-9 menyaksikan populasi Islam mengatasi Kristian Koptik , dengan proses Arabisasi dan Islamisasi semakin giat."Anarki di Samarra" di kawasan pedalaman Abbasiyah memudahkan kebangkitan gerakan revolusioner Alid di Mesir.^[84]Zaman Tulunid bermula pada tahun 868 apabila Ahmad ibn Tulun dilantik sebagai gabenor, menandakan peralihan ke arah kemerdekaan politik Mesir.Walaupun terdapat perebutan kuasa dalaman, Ibn Tulun menubuhkan pemerintahan bebas de facto, mengumpul kekayaan yang besar dan meluaskan pengaruh ke Levant.Penggantinya, bagaimanapun, menghadapi perselisihan dalaman dan ancaman luar, yang membawa kepada penaklukan semula Abbasiyah ke atas Mesir pada tahun 905. ^[85]Mesir pasca-Tulunid menyaksikan konflik berterusan dan kebangkitan tokoh-tokoh berpengaruh seperti komander Turki Muhammad ibn Tughj al-Ikhshid.Kematiannya pada tahun 946 membawa kepada penggantian aman anak lelakinya Unujur dan pemerintahan Kafur berikutnya.Walau bagaimanapun, penaklukan Fatimiyah pada 969 menamatkan tempoh ini, membawa kepada era baru sejarah Mesir.^[86]